集体土地使用权入股协议的签订是无效的，根据《中华人民共和国土地管理法》第六十三的规定，集体土地使用权不得作为公司出资。《公司法》也作出规定，土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资，但该土地使用权仅指国有土地使用权。如果集体组织欲以集体所有的土地对外投资，则必须首先将集体土地通过国家征用的途径变为国有土地，再从国家手里通过土地出让的方式获得国有土地的使用权，然后，才能进行有效的投资。
具体可参考公司法第二十七条股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资;但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。法律、行政法规对评估作价有规定的，从其规定。全体股东的货币出资金额不得低于有限责任公司注册资本的百分之三十。
二、土地使用权
所谓土地使用，是指按照土地的自然属性、法定用途或约定方式，对土地进行的利用。根据物权理论，土地使用权是对国家或集体所有的土地的占有、使用、收益的权利，属于用益物权，包括国有土地使用权和农民呢集体土地使用权。
集体土地使用权是农村集体经济组织及其成员以及符合法律规定的其他组织和个人在法律规定的范围内对集体所有的土地享有的用益物权。
集体土地使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设，但是符合土地利用总体规划并依法取得建设用地的企业因破产、兼并等情形致使土地使用权依法发生转移的除外。
集体土地使用权的主体为特殊民事主体，主要为集体经济组织及其成员，集体经济组织设立的企业和公益性组织，只有法律、行政法规规定允许的个别情况下，才可包括集体经济组织以外的单位和个人。
根据我国相关法律的规定，集体经济类型的土地使用证是不能用作资本入股的，若是签订的入股协议之中包含集体土地使用权等内容，那么该协议的部分内容可能会被作为无效处理，严重的情形下，整个协议都有可能会无效。
延伸阅读：
农村集体土地租赁合同如何写？
集体土地租赁期限是怎么规定的？
集体土地承包权将不得流转
