村土地使用权的转让协议书需要包含的内容有：转让标的;转让期限;转让费相关内容;支付方式和时间;承包经营权转让土地的交付时间和方式;承包经营权转让和使用的特别约定 ;违约责任;争议条款;生效条件;其他条款等内容。
1、土地使用权与地上建筑物、附着物一同移转。关于土地与地上物，理论上有一元主义和二元主义之说。所谓一元主义，是将土地和其地上物视为一个整体的权利，或如德国民法，将建筑物视为地上权之附属物;或如日本民法之相反规定，将地上权视为建筑物之附属物。采一元主义者，附属物不得离开主体权利而独立存在。所谓二元主义，是把土地和地上物视为两个独立的权利，两者互不附属。
二元主义并无绝对不妥，如果房产被视为是一种独立的权利，并能对其占用的土地权利建立相应的补偿制度，两种独立的权利也可相安无事。在我国，有地方政府分设国土管理和房产两个部门分别归口管理土地使用权和地上建筑物，并对其分别发证，但因两种权利之间缺乏相互协调和补偿的法律规定，在土地使用权与房产权分属不同当事人时，当事人对各自权利的处分常常互相排斥、互相抵触，致使人们对二元主义产生误解。
依我国现时法律，建筑物和其他定着物、附着物均附属于土地，土地使用权转让，地上物一并转让。
2、权利义务一同转移。这里的权利义务，是指土地使用权从土地所有权分离时出让合同所载明的权利义务及其未行使和未履行部分。如土地的用途，出让合同约定为住宅用地，无论该地块的土地使用权经过多少次转让，均不因为转让而变成其他用途。再如土地上的抵押权，其作为物上负担的一种，具有追及效力，其随土地使用权的转让一并转让，不因转让而归于消灭，抵押权人在土地使用权转让后仍可在该块土地设定的抵押担保的范围内享有优先受偿的权利。
至于土地使用权的年限，应以出让合同设定的年限减去转让时已经使用的年限，其得数视为出让合同尚未履行之权利与义务，在转让土地使用权时随同转让。
3、土地使用权的转让需办理变更登记。我国现行立法对物权变动采取登记要件主义，即土地使用权转让合同的签订并不直接意味着土地使用权的移转，土地使用权的移转以登记为要件，转让合同中的受让人不是在转让合同签定以后，而是在土地使用权依法登记到受让人名下以后方取得土地使用权。这与国外物权法律中的意思主义和形式主义有很大的不同。
前者以变动物权的契约为充分条件，当事人达成变动物权的契约，即使未行登记或交付，变动即为发生;后者也称物权行为无因性理论，指物权的变动不仅有变动物权的债权契约，更有一个独立于债权契约之外的、以物权的变动为目的物权行为。所谓无因，是指不把约定价金支付的债权契约作为物权变动的原因，而是把物权的变动，或物权行为本身就视作一种契约，物权行为不因债权契约成立而成立，或无效而无效
农村的土地使用权是可以进行转让的，在转让的过程中必须要签订一份详细合法的转让协议书，协议书中需要对于各项必要的问题进行明确详细的规定，并且双方必须要在资源同意的情况下进行签署，不能出现隐瞒或者胁迫的情况，否则签署的协议不予生效。
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