农村也是有土地使用证的，农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。可见，农民集体所有土地用于非农业建设的，才需要给使用权人发给土地使用证，发证机关为县级或者市级土地管理部门。
农村土地属于集体土地，只能由村集体成员申请集体土地使用权。只有在乡政府规划中，对集体土地进行征收征用，土地性质才能由集体土地转变为国有土地，才能办理国有土地使用证。
1、申请
(1)、由农村村民个人向所属乡镇国土资源管理所提出申请，领取土地登记申请审批表。
(2)、提交个人身份证或农村居民户口簿复印件一份。
(3)、土地权属材料(82年5月14日以前，提交村、队权属来源证明书;82年5月14日以后，提交农村建房使用证;97年4月以后提交农村建房申请书、农村建设用地批准书等)。
2、调查
由乡镇国土资源管理所对申请者的用地进行地籍调查、地籍测量、申请人现场指界、邻宗地签字盖章，填写地籍调查表，绘制宗地草图。
3、审核
先由乡镇国土资源管理所进行审核，再报县国土资源局审核，审核用地材料是否合法，用地界线是否无争议，用地面积是否准确。
4、审批
经审核符合“用地面积清楚，界址准确，权属合法，无争议”原则的，可批准并进行张榜公布，在公布一个月内无单位或个人对其提出争议的，由县人民政府颁发集体土地使用证。
过去国家基本上就没有统一规划过对农村宅基地的管理，有些村民居住了几十年都没有集体土地使用证，宅基地虽然是以村民自治为原则的，但是，国家有关部门也应该适当的进行干预，农村的土地使用权纠纷的原因就是源于没有法律常识。
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