实践中，认定土地出让合同违约金过高是通过与造成的损失相比较的方式。如果过分高于造成的损失，则约定的违约金会与过高的情形。
根据《民法典》第五百八十五条第一款、第二款的规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
二、土地出让的方式有哪些
1、招标
国家出让某块土地，通过发出招标公告告知房地产公司，房地产公司制作标书竞标，国家综合评定房地产公司的资质、信誉、资金实力、项目设计方案、招标价格、付款方式等多个因素，从而决定由哪个单位中标。这方式因为有人为评分因素在里面，所以还是有暗箱操作的余地。
2、拍卖
这方式简单，国家把土地情况公示出来，约定好拍卖日期，所有有兴趣的开发商都过来，交一笔拍卖保证金之后，就可以参加拍卖，现场谁喊价高谁拿走，其他什么都不考虑。这方法虽然简单且不容易暗箱操作，但因为自由竞价，价格无法控制，现在市场上那么多地王级别的土地价格，几乎都是拍卖产生的。
3、挂牌
这方式就是国家把要出让的土地公示出来，各房地产开发商将自己的报价和方案交到指定地点，在挂牌期间内，其他公司仍可修改或重新提交自己的报价和方案，挂牌期限结束时，最后确定的公司为土地获得者。
4、收购
上面三个是国家承认的土地获得方式，按道理来讲，土地是不可以私自交易的，但有的人手里有土地，但是没有实力开发，或者干脆就是想转手，这样开发商就会通过收购具有土地的公司的方式，将土地转到自己的手里。这方式在市场上也不少见，不过里面存在诸多的信息陷阱，每个开发商都比较小心。
三、土地出让和划拨的区别是什么
在我国，国有土地使用权的取得方式分为出让和划拨。
国有土地使用权出让是指国家将国有土地使用权在一定年限内出让给土地使用者，由土地使用者向国家支付土地使用权出让金的行为。
国有土地使用权划拨是指土地使用者经县级以上人民政府批准，在交纳补偿、安置等费用(虽然土地无偿，但之上可能有耕地、房屋等)后所取得或者无偿取得的没有使用期限限制的国有土地使用权。
两者的区别在于：
(一)划拨土地在使用权限上一般没有明确的限制，无需缴纳土地出让金。比如现在的经济适用房所用土地就是划拨的，不过这类房屋在出售时要向国家补交土地出让金。
(二)出让土地住宅使用年限一般是70年，商业40年，综合50年。开发商取得的土地一般都是出让的。出让土地到期后可以续交出让金继续使用。
所以说，土地出让合同违约金超过本金的认定方法是与造成的损失做对比来实现的。《民法典》规定，当事人可以与对方约定违约的时候，一方可以根据违约的情况向另一方支付一定数量的违约金，同时当事人也可以与对方约定违约金的计算方法。
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