土地转让协议违约金由转让人和受让人协商确定，协商时约定违约金的具体数额，在转让协议中载明。
《中华人民共和国民法典》
第五百八十五条 【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
二、土地转让的合法方式有哪些?
土地转让有两种方式：一是土地所有人将土地所有权有偿或无偿地转移给他人，二是在土地家庭承包经营的情况下，土地转让指承包人自找对象，由第三者代替自己向发包人履行承包合同的行为。
1、土地所有人将土地所有权有偿或无偿地转移给他人。有偿的是买卖，无偿的是赠与或遗赠。土地转让行为只能发生在土地私有制的社会里，我国在农业、手工业和工商业社会主义改造基本完成之后，土地变私有制为公有制，因而不允许土地转让。但是土地的使用权可以依法转让，受让人仅对土地享有使用权，而所有权仍属于国家或集体。
2、在土地家庭承包经营的情况下，土地转让指承包人自找对象，由第三者代替自己向发包人履行承包合同的行为。转让的合同内容虽无改变，但是变更了承包人，终结了原承包人与发包人的权利义务关系，确立了受让人与发包人的权利义务关系。土地承包经营权转让时，承包方与第三者应订立书面协议。
因此如果双方因为土地转让合同发生了纠纷，那么是因为其中一方导致的这个纠纷呐，违约的这一方就必须要承担违约责任，如果双方约定的有违约金，那么可以按照违约金来赔偿。当然其中一方也可以要求另一方当事人直接赔偿，因为他违约带来的具体损失。
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