途径一：当事人协商
协商解决纠纷，就是发生土地流转纠纷的当事人双方，采取其他方式解决纠纷之前，首先在自愿互谅的基础上，依照有关法律规定，直接进行协商，自行解决双方之间的纠纷。
当然，在采取其他途径解决纠纷的过程中，只要双方当事人都愿意，还可以继续通过协商，达成协议，解决纠纷。
采取协商的办法解决纠纷，可以大大减少双方当事人为解决纠纷所耗费的时间、精力和费用，有利于及时化解矛盾，维持双方当事人之间的正常关系。
途径二：双方调解
在土地流转纠纷中，双方当事人不愿意协商解决，或者通过协商未能解决纠纷(例如，协商达成解决纠纷的协议后，一方当事人反悔)的，可以通过调解的方式解决纠纷。
采取调解的方式解决土地承包经营纠纷，必须坚持自愿原则，在双方当事人完全自愿的基础上进行调解。
当事人可以申请村民委员会、乡(镇)政府等调解解决纠纷。主要是考虑到，村民委员会作为村民自治组织，依法具有调解解决民间纠纷的职能。
因为村民委员会熟悉情况，又具有一定的权威性，由村民委员会作为调解人，有利于及时、合理地解决纠纷。
乡(镇)人民政府是农民的基层政权组织，承担着农村土地承包的基础管理工作，并掌握承包合同等基本资料，熟悉土地承包情况。由乡(镇)政府主持调解，特别是调解不属于同一个村集体经济组织的村民之间的土地承包经营纠纷时，更具有其他组织和个人不具备的公正性和权威性。
因此，一般来说，同一村、村民小组的村民之间发生的土地承包经营纠纷，可由村民委员会调解解决;不同村的村民之间、村民与其他单位之间发生的土地承包经营纠纷，可由乡(镇)人民政府调解解决。
经过调解达成协议的，应当及时请双方当事人签订书面协议，并帮助和督促当事人自觉履行协议，彻底解决纠纷。
不管由谁主持调解，通过调解达成的调解协议，都不具有强制执行的法律效力。
双方都自愿履行的，协议顺利履行完毕后，纠纷得到彻底解决。达成调解协议后如果一方当事人反悔，不愿履行协议，或者经过调解最终没有达成调解协议的，当事人都可以申请农村土地承包仲裁机构仲裁解决，或者直接向人民法院起诉。
途径三：仲裁机构裁决
发生土地流转纠纷的当事人不愿意协商、协商未能达成一致，通过调解未能解决纠纷的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。
考虑到劳动争议和农村土地承包纠纷具有一定的特殊性，《仲裁法》第七十七条：劳动争议和农业集体经济组织内部的农业承包合同纠纷的仲裁，另行规定。从而明确了农村集体经济组织内部的土地承包经营纠纷，不适用《仲裁法》的规定。
土地承包经营是一种特殊的经济仲裁，与《仲裁法》规定的一般商事仲裁有所不同。
土地承包经营纠纷的当事人都可以申请仲裁，没有明确区分农村集体经济组织内部的土地承包，还是集体经济组织以外的单位和个人的土地承包。
实际操作中，各地主要根据省、自治区、直辖市制定的地方法规和规章做出裁决，具体做法大体相同，但也有所差异。
为制定全国统一的农村土地承包仲裁办法提供了立法依据和原则，有关部门正在制定农村土地承包仲裁的具体办法。
途径四：法院诉讼
在土地流转纠纷中，当事人对裁决不服的，可以在收到裁决书之日起30日内，以对方当事人为被告，向人民法院提起民事诉讼，通过诉讼方式保护自己的权益。
受理案件的人民法院应当按照《民事诉讼法》的规定，参考有关司法解释和有关农村土地承包的政策文件，对案件进行审理，查明事实，依法做出判决，维护双方当事人的合法权益。
人民法院受理案件后应当依法直接做出判决，不是撤销裁决，要求仲裁机构重新进行仲裁。就是说，当事人对裁决不服向人民法院起诉后，裁决即自动失去了法律效力，由人民法院做出判决，解决纠纷。
我国的土地所有权是归国家或者集体的，但是土地的使用权是可以进行流转的。双方当事人是需要签订土地流转协议，明确彼此的权利义务的。有的人可能会发生纠纷，那么，土地流转合同纠纷的解决也是需要我们多加注意的，此时我们要及时的保护自己的权益，选择合适的处理方式。
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