区别在于权利归属不同：土地所有权，归属集体;承包权，归属农户;经营权，归属经营者。
1、首先，关于土地的所有权是由我国国家性质所决定的。我国法律明确规定“农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于集体所有;宅基地和自留地、自留山，也属于集体所有”。因此，农村土地集体所有权的根本地位坚持不变。
2、其次，土地承包经营权属于用益物权。在权利内容上，多数观点认为，土地承包经营权系承包权与经营权的双重属性混合。其中，承包权属于成员权，只有集体成员才有资格拥有，具有身份依附性和不可对外转让性;经营权属于财产权，在权利属性上具有可交易性。
3、由此，在“两权分置”下，土地所有权和土地承包经营权其实并不具备自由流转的物权属性。但“三权分置”体制实现了集体、承包农户、新型经营主体对土地权利的共享，从法律制度的角度看，其本质就是确定在不改变土地公有制的基本经济制度前提下，在土地上分离出一个更加符合市场交易要求的私权——土地经营权。
(一)、权利性质不同
土地承包权属于农村集体组织成员权利中的一部分。
(二)、权利内容的不同
1.承包权主要包括：承包土地的权利、其他承包方式的优先权。
2.承包经营权的内容主要包括：占有、使用、收益权。
(三)、权利放弃的标准不同
1.承包权的放弃主要表现为不参加土地承包，明确放弃与村集体签订土地承包合同的权利;
2.承包经营权的放弃要以承包人提前半年书面通知为准，否则村委会不得随便收回承包地。法律对承包经营权放弃与收回的法律条件规定较为严格。
(四)、继承方面的区别
1.承包权直接的依据是农村集体户口，承包权人的子女应落入父母户口所在地的村集体，因此当然成为村集体成员，也当然地具有农村土地承包权。
2.而承包经营权则因其具有家庭承包方式和其他承包方式，而表现出一定的复杂性。家庭承包方式的经营权是不能继承的，但是在承包期内，如果承包人死亡，则其同一户口上的其他人可以继续耕种。但是林地可以继承。
综合上面所说的，土地所有权都是归国家或者是集体所拥有，一般对于公民只有使用的权利，如果公民对此土地进行承包，那么还可以获得承包的权利，所以，在处理的时候就需要结合实际情况来，不同的情形所存在的权利是不一样的。
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