由各级政府负责，分批次验收、兑付
农民宅基地腾退补偿，应以一年为期限实行成批次地验收、兑付。成批次验收、兑付能减少相关部门调查、统计、汇总、上报的工作压力，易于操作。以一年为期限的理由是农民进城购房定居或农民入住新农村社区的住宅完成建新拆旧的期限一般需要一年时间。
同时，建议制定统一规范的农民宅基地腾退补偿合同文本，实行农民宅基地腾退补偿合同管理制度。将拆旧复垦标准、验收办法、补偿办法及标准、拆旧时限、违反合同的责任等明确写进合同，并加强监督和管理，以确保宅基地有偿退出真正落实到位。
此外，还要实行农民宅基地腾退补偿工作公示制，定期将农民宅基地腾退补偿的情况在明显位置张榜公布，确保工作的公开、透明，避免暗箱操作引发不公平。
对于农民旧宅基地超出法定宅基地划定标准部分能否给予补偿的问题，笔者认为应给予适度补偿，因为超出宅基地划定标准的旧宅多为历史原因形成，虽不符合法定标准但也是该农户以往长期实际拥有，里面也包含了拥有户多年的投工、投劳或投资。
农民宅基地腾退补偿工作应由各级政府负责，政府的民政部门、新农村建设管理部门、国土资源管理部门和财政部门具体承担。其中，民政部门负责对已进城转户籍需要宅基地腾退补偿的农民进行确认;新农村建设管理部门负责对入住新农村社区需要宅基地腾退补偿的农民进行确认;国土资源管理部门负责对腾退的农民宅基地的使用权及面积进行勘测确认;财政部门负责按照补偿标准划转、兑付农民宅基地腾退补偿资金。
