依据畜禽规模养殖污染防治条例的规定，自然保护区是属于禁养区域，所以在自然保护区内的养殖场是会被关停的，但要进行补偿，当事人对补偿不服的，可以提起行政诉讼。
《畜禽规模养殖污染防治条例》
第二十五条 因畜牧业发展规划、土地利用总体规划、城乡规划调整以及划定禁止养殖区域，或者因对污染严重的畜禽养殖密集区域进行综合整治，确需关闭或者搬迁现有畜禽养殖场所，致使畜禽养殖者遭受经济损失的，由县级以上地方人民政府依法予以补偿。
二、禁养维权需要注意的四点
1、首先要考量是否纳入禁养范围。
禁养范围的确定一般情况下要考量当地的市、县、区域级人民政府是否有相应的行政命令、红头文件、抽象性的行政行为划定禁养区域，从“十二五”规划和《畜禽规模养殖污染防治条例》要求各个地方制定自己所辖区域内的禁养范围，比如江苏所制定的是水源保护地平均一公里半径范围内不能存在养殖场，湖南长沙公布的距离是五百米范围内不能存在养殖场。各个地方划定的范围是不一样的，但是主要都是划在水源保护地、风景名胜区等地，这都是禁养的主要范围。这个规划的实施办法作为地方人民政府都要公布制定实施的。首先要核定区县人民政府有没有制定规划，如果制定了，养殖场是否划定在禁养范围内，如果养殖场不符合环境的要求，但要确定是否在对水源保护产生影响的范畴内。
2、从合理性讲，是否达到污染搬迁必要性。
这个问题分两个角度来讲，如果没有纳入禁养范围，在进行环保关停就要看有没有搬迁关停的必要性，这是从合理以及部分合法的角度来讲。如果纳入到禁养的范围内，这就不是一个重点问题了。我所代理江苏昆山的禁养案件，我们首先通过查询信息公开发现该养殖场并未纳入禁养范围，但是该养殖场确实缺乏对污染环境处理的相关设施，最后申请增加污染处理设施，进行二次处理，并且相应的环保部门以及人民政府进行批示，补办相关证照后还是可以从事养殖工作。
3、具体行政行为的落实。
关停、搬迁、关闭的是具体行政行为一整套的执行程序，从最早下达关停通知就是一个具体行政行为，这可能是一个具体的行政处罚行为。面对一个行政处罚行为，按照我国《行政处罚法》规定以及《行政诉讼法》、《行政复议法》的配套规定来讲的话，养殖场有复议和诉讼的权利，对是否应该实施关闭关停纳入到法律司法审查的权利。
关闭关停涉及到建筑物，按照《行政强制法》第44条规定，在复议、诉讼结束之后如果还是必须要拆除的话才能纳入到行政强拆或司法强拆的过程。现在各个地方在落实关闭关停的具体措施上是有出入的，有的地方是断水断电后置之不理，只要水电不恢复就不能进行养殖行业，养殖场只能停业。或把畜牧养殖的设备全部搬迁，把养殖的动物全部卖掉，强制拆除后完全没有恢复生产的条件。
4、补偿依据。
按照《畜禽规模养殖污染防治条例》第二十五条规定要给予补偿，但是补偿在实践中都是偏低的。按照畜牧养殖的规模来进行补偿停产停业损失，对预期利益以及现有的固定资产都没有考量，这就是双方的主要矛盾。养殖场的建设是只能从事养殖行业，一旦关闭关停房屋的利用价值就没有了。所以拆迁与否，对于养殖企业主来说都是一样的，按照养殖场的方式建造的房屋不能从事其他行业了。
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