第一，立案。立案就是执法部门对于发现或接到投诉、举报等事实或者材料后，认为有违法事实发生或存在并需要追究法律责任时，决定把它作为行政案件进行查处的一种活动。
第二，调查程序。在调查中，应当注意以下几点：首先，调查人员不得少于2个人。其次，调查人员要主动出示执法证件。
《土地管理法》第八十三条 依照本法规定，责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施的，建设单位或者个人必须立即停止施工，自行拆除;对继续施工的，作出处罚决定的机关有权制止。建设单位或者个人对责令限期拆除的行政处罚决定不服的，可以在接到责令限期拆除决定之日起十五日内，向人民法院起诉;期满不起诉又不自行拆除的，由作出处罚决定的机关依法申请人民法院强制执行，费用由违法者承担。
《城乡规划法》第六十八条 城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。
1、案件受理登记
2、现场勘察记录
3、签发《停工(核查)通知书》(应注明：A、上述行为书面说明;B、本人身份证明材料;C、房屋相关材料)。
4、填写《 案件立案审批表》(签承办人意见及依据，然后交领导审批同意后做调查笔录)。
5、做《调查询问笔录》(相关说明：A、这个日期那一天不确定，要看当事人配合情况决定。B、做现堪和笔录时，首先亮明身份，由两人以上执法，宣布执法依据;C、内容要具备以下几个要素：房屋所有者是谁，违建的出资建设者是谁，房屋开工日期，房屋所处位置，工程进度，房屋面积、结构(分砖混、砖木、钢架、简易棚亭披屋)，工程造价，完工时间，所作用途，问清是否办理建房手续，告知其违法行为，违反什么法律条款，当事人确认笔录内容，请当事人签名，并紧顶内容下格签名)。
6、给规划部门发商请函，认定是违法建筑。
7、填写《案件处理审批表》 (承办人意见及依据，报领导审批)。
8、签发《限期拆除告知书》，限期在何年月日前自行拆除违法建筑，限期日期根据房屋面积，结合裁量权决定，并告知其陈述、申辩权。
9、 送达回证
10、限期拆除到期后去核查，填写《核查情况登记表》。
11、填写《拆除违章建筑工作单》，将《拆除违章建筑工作单》报区政府备案。
12、签发《强制拆除决定书》(告知其三个月内的行政复议、诉讼期)。
13、签发《履行行政决定催告书》，限其在7天内自觉履行行政决定。
14、送达回证(限期拆除决定书、履行行政决定催告书可以一次性同时送达)。
15、7天后去核查，填写《核查情况登记表》。
16、签发《 强制执行决定书》，告知其三个月内的行政复议、诉讼期。
17、送达《强制执行决定书》。
18、张贴《强制拆除公告》(限其七日内自行拆除，离发《强制执行决定书》1个月)。
19、拟定强拆方案，组织强制拆除 制作强拆现场笔录，此时离发《强制执行决定书》三个月后，达到行政复议、诉讼期时间要求。
综上所述，对于农村违章建筑强制拆除的程序通过立案调查来进行，先根据接到的举报投诉等去核实，在确定存在违章建筑的时候追究其相应的法律责任，而在调查程序当中调查人员应当在两人及以上的人数，并且要出示执法证。
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