农民的集体山林征地补偿款分配的方式为：山林地被征收的补偿包括土地补偿,地上附着物补偿,青苗补偿。当该山林土地是被私人承包时，该土地的地上附着物补偿和青苗费是直接支付给被征地人的，土地补偿费给村集体;当该山林土地是归村集体所有时，三项费用皆归村集体所有。
征地补偿是指国家为了公共利益的需要，依法对农民集体所有土地实行征收或征用，并按照被征地的原用途给予补偿。由国土资源管理部门负责。
《土地管理法》第四十八条
征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。
征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。
征收农用地的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。制定区片综合地价应当综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素，并至少每三年调整或者重新公布一次。
征收农用地以外的其他土地、地上附着物和青苗等的补偿标准，由省、自治区、直辖市制定。对其中的农村村民住宅，应当按照先补偿后搬迁、居住条件有改善的原则，尊重农村村民意愿，采取重新安排宅基地建房、提供安置房或者货币补偿等方式给予公平、合理的补偿，并对因征收造成的搬迁、临时安置等费用予以补偿，保障农村村民居住的权利和合法的住房财产权益。
县级以上地方人民政府应当将被征地农民纳入相应的养老等社会保障体系。被征地农民的社会保障费用主要用于符合条件的被征地农民的养老保险等社会保险缴费补贴。被征地农民社会保障费用的筹集、管理和使用办法，由省、自治区、直辖市制定。
农民集体山林的征收政府需要根据实际情况以及征收的山林及其附着物进行相应赔偿金额的判断，并且补偿款必须给到农民手中，乡镇任何组织或者个人都不能以任何方式侵占或者扣除其中的一部分补偿款，一旦发现这种情况可以向法院提起申诉。
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