尽管我国《行政诉讼法》明确规定，各项费用由县级以上的行政主管部门直接征收，但由于行政部门与有些部门职能交叉，某些部门受利益的驱动越权收费、两头收费、双向收费等不正当现象时有发生，有时还表现为没有实施征收委托关系的行政主管部门的下属或派出单位行使行政征收权，致使行政征收主体不规范。另外,还出现法律、法规、规章中并没有授权的其它组织，也出现越权收费或不在她管辖范围内乱行使其权力，造成社会秩序不稳定。
目前，我国还未正式出台《行政征收法》，行政征收的行为方式、程序和措施等大多散见于各种法规中。根据我国现行法律、法规规定，行政征收的行为方式主要有查账征收、查定征收、查验征收、定期定额征收及代征、代扣、代缴等。
由于行政征收法规的不完善，行政征收行为方式没有具体明确的规定。在实际行政征收过程中，具体运用哪种征收方式由行政机关依据法律、法规的规定及相对方的具体生产经营情况而定。
一项水利规费的征收，要有法律规定、行政条例、政府规章具体实施办法或细则以及其他规范性文件为补充，共同构成行政征收法规体系。在这个体系中，层次低的规范性文件从属于层次高的规范性文件，其所述规定也大多偏重实体。
另外，由于立法时间上的先后关系，行政征收往往出现“有法可依，无章可循”或“有章可循，无法可依”的“法规断层”现象。目前，国务院尚未颁布《水资源费征收使用管理办法》。
法律救济是保证行政征收合法、公正行使的补救措施。行政征收作为一种单方不对等的具体行政行为，其征收后果将直接影响相对人的权益。目前，我国现行法律法规中规定的法律救济途径多为事后救济(公力救济)，如提起行政复议，行政诉讼或国家赔偿等。
在行政征收过程中应充分保障相对人合法权益不受侵犯的权能，这种权能不仅仅是在事后救济，而主要表现在行政征收中，相对人在征收的法定或约定期限内享有更多的自助权，如可以声明异议，享有陈述权和申辩权及要求听证等权利。这种权利的行使应该在行政征收过程中有所体现。
我国《税收征管法》规定，征收相对人(纳税人)在规定期限内不缴或少缴应纳税额时，税务机关可依法采取查封、强制扣押、划拨、拍卖等直接强制执行措施，并处一定数额的罚款等行政处罚措施，构成犯罪的追究刑事责任。而行政征收同样作为一种行政征收行为，就缺少相应的行政强制措施，对违反行政征收的法律责任不明确。当征收相对人违反应缴义务时，在用尽一切行政措施(包括告诫、处罚一定比例滞纳金等)后，只能依据《行政诉讼法》第三十六条之规定，申请人民法院强制执行。
6、减征、免征的条件、范围和程序不明确
以山东为例，目前在行政征收过程中，除河道工程维护管理费在鲁政[1994]70号文件中有原则性减、免征规定(《山东省河道工程维护管理费征收使用管理办法》第八条)外，其他水利规费尚无此规定。
这就给行政征收带来了随意性，为徇私不征、少征、行政干预等开了方便之门，致使行政征收不到位，给国家利益造成了一定损失。
1、《中华人民共和国宪法》
第十三条 公民的合法的私有财产不受侵犯。国家依照法律规定保护公民的私有财产权和继承权。国家为了公共利益的需要，可以依照法律规定对公民的私有财产实行征收或者征用并给予补偿。
2、《民法典》(2021.01.01生效)
第一百一十七条 为了公共利益的需要，依照法律规定的权限和程序征收、征用不动产或者动产的，应当给予公平、合理的补偿。
第二百四十三条 为了公共利益的需要，依照法律规定的权限和程序可以征收集体所有的土地和组织、个人的房屋以及其他不动产。
征收集体所有的土地，应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用，保障被征地农民的生活，维护被征地农民的合法权益。
征收组织、个人的房屋以及其他不动产，应当依法给予征收补偿，维护被征收人的合法权益;征收个人住宅的，还应当保障被征收人的居住条件。
任何组织或者个人不得贪污、挪用、私分、截留、拖欠征收补偿费等费用。
第二百四十五条 因抢险救灾、疫情防控等紧急需要，依照法律规定的权限和程序可以征用组织、个人的不动产或者动产。被征用的不动产或者动产使用后，应当返还被征用人。组织、个人的不动产或者动产被征用或者征用后毁损、灭失的，应当给予补偿。
3、《中华人民共和国突发事件应对法》
第十二条 有关人民政府及其部门为应对突发事件，可以征用单位和个人的财产。被征用的财产在使用完毕或者突发事件应急处置工作结束后，应当及时返还。财产被征用或者征用后毁损、灭失的，应当给予补偿。
第五十二条 履行统一领导职责或者组织处置突发事件的人民政府，必要时可以向单位和个人征用应急救援所需设备、设施、场地、交通工具和其他物资，请求其他地方人民政府提供人力、物力、财力或者技术支援，要求生产、供应生活必需品和应急救援物资的企业组织生产、保证供给，要求提供医疗、交通等公共服务的组织提供相应的服务。
4、《中华人民共和国传染病防治法》
第四十五条 传染病暴发、流行时，根据传染病疫情控制的需要，国务院有权在全国范围或者跨省、自治区、直辖市范围内，县级以上地方人民政府有权在本行政区域内紧急调集人员或者调用储备物资，临时征用房屋、交通工具以及相关设施、设备。
紧急调集人员的，应当按照规定给予合理报酬。临时征用房屋、交通工具以及相关设施、设备的，应当依法给予补偿;能返还的，应当及时返还。
政府为了修建公路、铁路等的需要，是可以征收属于公民合法获得的土地的，若是因为疫情、地震等的发生，也可以征用单位或者是个人的财产，任何征收、征用的行为，都是需要支付相应的补偿金的，任何公职人员都不得贪污或者是挪用这种具有补偿性质的资金。
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