1、前者为惠民利民工程，后者为商业行为;
2、前者居民一般是就地安置须回迁，后者可以异安置或自行解决住房;
3、前者为政府主导并实施操作，后者为政府引导或准予;
4、对于物权处理上，前者是以房易附带(互易中超过部分)补偿，后者是高业化的交易与征收。
5、棚户区改是指政府为了改善棚户区内居民的居住、生活条件，由政府实施并予以开发商一定的惠顾政策，为居民重置重建的惠民工程。对于房屋的产权人进行以房易房或互补方式，一般不涉及土地征用费。
6、房屋征收是土地使用人或开发商在政府主导下，依法对土地、房屋(附着物)进行有偿征用、征收而获得土地使用权的方式。一般要支付土地补偿金我、附着物补偿金和安置补偿费。
最高人民法院曾出过司法解释，城中村房子拆迁，如果是货币补偿方式，可以参照《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定，争取不得低于同地段的类似房地产的市场价。
根据《国务院关于加快棚户区改造工作的意见》相关规定可知，经过棚户区改造后，当地群众的住房条件会得到改善，大家可以住到配套设施好、质量高、安全可靠的房子，共享改革发展成果。
从狭义上说，城中村是指农村村落在城市化进程中，由于全部或大部分耕地被征用，农民转为居民后仍在原村落居住而演变成的居民区，亦称为“都市里的村庄”。从广义上说，城中村是指在城市高速发展的进程中，滞后于时代发展步伐、游离于现代城市管理之外、生活水平低下的居民区。
棚户区是指城市建成区范围内、平房密度大、使用年限久、房屋质量差、人均建筑面积小、基础设施配套不齐全、交通不便利、治安和消防隐患大、环境卫生脏、乱、差的区域。
延伸阅读：
棚户区改造免土地使用税吗？
国家棚户区改造补偿标准
