纳税人将国有土地使用权交由土地收购储备中心收储，取得的建筑物、构筑物和机器设备的补偿收入征收增值税，取得的其他补偿收入免征增值税。国家因公共利益或城市规划需要而收回单位和个人所拥有的土地使用权，并按照《中华人民共和国土地管理法》规定的标准支付给单位和个人的土地及地上附着物(包括不动产)的补偿费，属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为。单位和个人取得的上述补偿费免征增值税。
税收的开征、停征、以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行，法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。所以税务机关在没有上位法支撑的情况下，不能要求被拆迁企业缴纳增值税。
企业经营性房屋的补偿，包括企业厂房、仓库等所有建筑物，补偿的标准也以产权证中的建筑面积为准。具体的补偿价格涉及很多因素，包括建筑物的位置、建筑面积、建筑结构、建筑材质等等，需要综合考量。
2、房屋附属物的补偿。
企业房屋附属物是指附属于被拆迁房屋，由使用人在使用过程中为提高房屋使用效能而改造或追加的，不能异地使用或异地使用将影响其功能的财物及相关设施。附属物一般包括室内装修装饰、室外构筑物、地栽树木及花木、相关设备比如有线电视以及管道煤气(或天然气)出装费等。这些补偿都按照重置成本的价格进行补偿。
3、停产停业损失补偿。
企业拆迁的停产停业损失的补偿，需要满足营业执照、纳税登记、纳税记录等条件，具体包括两大方面，实际损失方面的补偿和逾期利益损失补偿。
4、机器设备的补偿。
机器设备包括可移动的和不可移动的，可移动的设备按照搬迁费标准计算，具体有拆卸费、运输费、安装调试费用等。不可移动的按照重置成本计算，需要根据设备型号以证明市场价格。
5、员工停工、遣散费用。
主要包括停工期间的工资和社保费用，遣散的员工需要解除劳动合同，依据劳动合同法进行经济补偿。
综上所述，企业房屋被政府拆迁，签订补偿协议后，政府要支付拆迁款给企业，这笔收入不是企业正常经营所得，不需要缴纳增值税。但是，企业应该缴纳企业所得税。企业房屋拆迁除了能够拿到房屋价值补偿外，还会有停业损失补偿及搬迁补偿等。
延伸阅读：
厂房拆迁补偿项目有哪些？
签订房屋拆迁补偿协议的技巧有哪些?
农村房屋拆迁补偿标准
