1、房屋性质、面积等认定不明确。
被征收房屋应当区分已经登记的和未登记的建筑。对于已经登记的房屋，房屋性质、面积、用途一般以不动产权证为准，当不动产权证与房屋登记簿记载不一致时，除非房屋登记簿确有错误，一般以房屋登记簿为准。对于未经登记的房屋，应当按照市、县政府认定、处理的结果进行评估。
2、存在出具虚假评估报告、虚假签字情形。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第34条规定，房地产价格评估机构或者房地产估价师出具虚假或者有重大差错的评估报告的，由发证机关责令限期改正，给予警告，对房地产价格评估机构并处5万元以上20万元以下罚款，对房地产估价师并处1万元以上3万元以下罚款，并记入信用档案;情节严重的，吊销资质证书、注册证书;造成损失的，依法承担赔偿责任;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
3、选用评估方法错误。
房地产估价师应当根据评估的对象和当地房地产市场价格，选用适合的一种或多种评估方法对被征收房屋价格进行评估。对于大部分纯住宅用房，一般都是采用市场比较法，即按照周边类似房地产的市场价格进行评估。
4、评估公司的选定程序违法。
房屋价值评估机构是由被征收人协商选定的，当被征收人在规定期限内未协商一致，应当按照少数服从多数的原则投票决定，或者采取摇号、抽签等方式随机确定。评估公司如果由征收部门单方面直接确定，被征收人对评估公司的状况、选定程序一无所知，因为征收部门并未对外进行公示公告，也未征求广大被征收人的任何意见，这通通是违反法律规定的。
5、未进行入户实地查勘。
《国有土地上房屋征收评估办法》规定房屋价值评估公司需要安排专业的估价师对被征收房屋的实际状况进行实地查勘，对被征收房屋内外部情况进行拍照、录像，做好实地查勘记录，并将附属物清单进行汇总。
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