1、产量不同：基本农田主要是高产优质的那部分耕地。非基本农田则为除基本农田的耕地，产量良莠不齐。
2、划分不同
根据《基本农田保护条例》第十条：下列耕地应当划入基本农田保护区，严格管理：
(一)经国务院有关主管部门或者县级以上地方人民政府批准确定的粮、棉、油生产基地内的耕地;
(二)有良好的水利与水土保持设施的耕地，正在实施改造计划以及可以改造的中、低产田;
(三)蔬菜生产基地;
(四)农业科研、教学试验田。
(五)铁路、公路等交通沿线，城市和村庄、集镇建设用地区周边的耕地，应当优先划入基本农田保护区;
(六)需要退耕还林、还牧、还湖的耕地，不应当划入基本农田保护区。而非基本农田则是耕地中除去基本农田的部分。
3、用途要求不同
基本农田保护的“五不准”：不准非农业建设项目占用基本农田(法律规定的除外);不准以退耕还林为名违反土地利用总体规划，将基本农田纳入退耕范围;除法律规定的国家重点建设项目以外;不准占用基本农田进行植树造林、发展林果业和搞林粮间作以及超标准建设农田林网;不准以农业结构调整为名，在基本农田内挖塘养鱼、建设用于畜禽养殖的建筑物等严重破坏耕作层的生产经营活动;不准占用基本农田进行绿色通道和城市绿化隔离带建设。此外新增建设用地计划在连续4年减少的基础上，今年再减少20万亩，其中占用耕地规模也相应减少。鼓励各地建立耕地保护补偿机制，对履行耕地保护责任的农民和村集体组织予以奖补。对于永久基本农田将实行特殊保护。已经划定的永久基本农田，一般建设项目不得占用，重大建设项目确实无法避让的必须严格论证，按法定程序报批，对擅自占用永久基本农田的行为要严肃处理。非基本农田则只需要向村委会及相关政府部门报备即可
第八条 各级人民政府在编制土地利用总体规划时，应当将基本农田保护作为规划的一项内容，明确基本农田保护的布局安排、数量指标和质量要求。
第九条 省、自治区、直辖市划定的基本农田应当占本行政区域内耕地总面积的百分之八十以上，具体数量指标根据全国土地利用总体规划逐级分解下达。
(一)经国务院有关主管部门或者县级以上地方人民政府批准确定的粮、棉、油生产基地内的耕地;
(二)有良好的水利与水土保持设施的耕地，正在实施改造计划以及可以改造的中、低产田;
(三)蔬菜生产基地;
(四)农业科研、教学试验田。
根据土地利用总体规划，铁路、公路等交通沿线，城市和村庄、集镇建设用地区周边的耕地，应当优先划入基本农田保护区;需要退耕还林、还牧、还湖的耕地，不应当划入基本农田保护区。
第十一条 基本农田保护区以乡(镇)为单位划区定界，由县级人民政府土地行政主管部门会同同级农业行政主管部门组织实施。
划定的基本农田保护区，由县级人民政府设立保护标志，予以公告，由县级人民政府土地行政主管部门建立档案，并抄送同级农业行政主管部门。任何单位和个人不得破坏或者擅自改变基本农田保护区的保护标志。
基本农田划区定界后，由省、自治区、直辖市人民政府组织土地行政主管部门和农业行政主管部门验收确认，或者由省、自治区人民政府授权设区的市、自治州人民政府组织土地行政主管部门和农业行政主管部门验收确认。
第十二条 划定基本农田保护区时，不得改变土地承包者的承包经营权。
第十三条 划定基本农田保护区的技术规程，由国务院土地行政主管部门会同国务院农业行政主管部门制定。
事实上，基本农田或者非基本农田都是由当地人民政府根据具体情况自行划分的，当地政府在划分基本农田保护区的时候，不能改变土地承包者对土地的承包经营权，确定了基本农田的范围以后，应该由农业行政主管部门进行确认。
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