自从我国海关实施了知识产权保护法以来，在我国进出境就截获了许多侵犯了知识产权的货物，这也很好的保护了知识产权人的权益，同时也维护了对外的贸易秩序。但随着时间的推移，这份知识产权海关保护制度也存在了一定的问题，它自从颁布之后一直没有进行大的修改，在某些方面已经不能适应我国现在只是产权保护的形势了。
我国的海关保护的知识产权包括商标的专用权、著作权等等，对一些国际贸易有关的产权并没有保护到，比如地理标志、商业机密等等。虽说我国海关保护的产权已经超过了边境措施中的最低要求，但还是需要扩大知识产权的保护范围的。
对于被截获的侵犯了知识产权的货物，我国法律并没有明确可以对这些货物实施什么措施，目前能实际实施的措施只有查验和扣留、复制和留单的权利，从执法的力度上这些权利不再满足执法的需要。
有关条例规定对于被截获的货物将有一个30个工作日的调查期限，并没有规定举证的期限，将造成当事人故意拖延提交证据的时间，导致最后有关部门难以在一定的期限内作出是否侵权的认定，存在一定的执法漏洞。
在海关发现了涉嫌侵权的货物时，还需要向有关的权利人通知，在权利人收到了通知后的三个工作日内提出扣留申请，海关才能扣留。这导致了海关的执法受到了一定的限制，海关不能及时的扣押涉嫌侵权的货物。
产生上述的问题主要是因为我国的《知识产权海关保护制度》产生的历史背景深深的影响着这部法律条例，但另一方面来说，它又在促进着我国的外向经济的发展，也改善了我国的国际形象。
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