(一)办公厅
协助署领导研究拟订海关工作的方针政策、发展规划和综合性改革方案并组织推动，研究起草总署年度工作计划、总结和综合性请示、报告、领导讲话、会议文件等重要文稿，组织海关系统开展政策研究工作。协助署领导处理日常事务，建立和维护总署机关日常工作秩序和署内外联系。协调划分海关业务分工和总署各部门、各单位职责分工。
(二)政策法规司
研究提出海关立法规划并组织实施。参与起草有关法律，负责起草或组织起草海关法规和综合性规章，审核署内各部门起草的专业性规章、海关方面的国际条约文本及其他规范性文件，按规定发布海关法规、规章，负责海关法规、规章的执法解释工作。归口管理海关系统的普法教育。归口管理海关系统行政审批、行政许可的制度建设和日常管理。负责建立和维护管理海关业务规范性文件数据库。归口管理海关标准化工作，制定、管理和维护海关业务信息系统标准化规范和参数数据库。
(三)关税征管司
参与研究进出口税收政策及税则税率的调整;承担关税立法调研、起草工作和税法执行过程中的一般性解释工作。研究提出关税、进口环节税等税费征收、减免、退补管理规章制度并组织监控实施。组织实施国家进出口关税和进口环节税减免的各项政策和规定。
(四)监管司
研究提出进出口货物通关、监管规章制度并组织实施，管理通关数据库。研究提出运输工具及其服务人员、进出境集装箱和进出境运输企业通关监管规章制度并组织实施。研究提出过境、转运、通运货物和暂准进出口货物、进出境展览品等监管规章制度并组织实施。研究提出报关单格式、填制规范、审单作业和出证管理的规章制度并组织实施。研究提出海关监管场所及其经营人管理的规章制度并组织实施。
(五)加工贸易及保税监管司
参与研究和提出加工贸易、保税区、出口加工区等特殊监管区域的发展与管理的有关政策。承办国务院交由海关总署牵头办理的有关保税区、出口加工区等特殊监管区域的审核、呈批和设立后的验收等综合管理工作。研究提出加工贸易进出口货物保税监管的规章制度并组织实施。研究提出保税仓库、保税工厂、出口监管仓库等保税监管场所的海关审批和进出口货物保税监管的规章制度并组织实施。研究提出海关对保税区、出口加工区等特殊监管区域及其保税货物的监管规章制度并组织实施。
(六)综合统计司
研究提出进出口贸易海关统计制度和海关业务统计制度并组织实施。编制进出口贸易统计，管理、发布进出口贸易统计数据，归口管理对外贸易统计咨询工作，编辑海关统计刊物。开展进出口贸易统计分析和预警监测，编制我国对外贸易指数，实施海关统计监督，开展执法评估。编制海关业务统计，开展海关业务统计分析。管理进出口经营单位编码及其计算机数据库。研究提出报关单数据管理规范、数据质量标准体系并组织实施，负责报关单结关数据的质量、日常业务管理;管理全国海关报关单及随附单证的档案工作;承办所有报关单数据的使用安全管理工作。
(七)稽查司
研究提出对一般贸易货物的税后稽查、加工贸易货物的后续稽查、减免税货物的后续稽查等海关稽查规章制度并组织实施。研究提出海关风险管理规章制度并组织实施。研究提出贸易调查、市场调查规章制度并组织实施。研究提出对报关单位、报关员管理及报关从业资格处罚的规章制度并组织实施。研究提出规范企业进出口行为和对企业实施分类管理的规章制度并组织实施。研究提出海关稽查、风险管理装备的使用规章制度并组织实施。
(八)缉私局(全国打击走私综合治理办公室)
研究提出海关打击走私工作计划并组织实施，负责全国海关反走私形势分析工作。研究制定走私犯罪侦查工作的规章制度并组织实施，直接组织查办重特大走私犯罪案件。管理和指导全国海关缉私部门的行政执法工作。研究提出查处走私、违规等行政违法案件的行政执法标准、措施和操作程序等具体适用法律的规章制度并组织实施和监督检查;办理对缉私部门具体行政行为的申诉案件(复议、诉讼、行政赔偿的除外);承办总署案件审理委员会的相关工作。受理总署缉私局管辖的刑事赔偿案件、刑事申诉案件;管理、指导和办理缉私部门治安处罚及其复议、应诉工作。
(九)科技发展司(口岸电子执法系统协调指导委员会办公室，简称“电子口岸办”)
研究提出海关科技发展规划、规章制度并组织实施，承担总署科技应用领导小组办公室的工作。组织全国海关业务信息化系统开发、推广应用和运行管理，归口管理海关业务数据的对外联网交换。研究提出海关信息化技术标准规范并组织实施。研究提出海关信息系统及网络安全技术方案并组织实施。组织实施全国海关计算机、网络、通信、防伪等技术和设备的选型、开发和维护。
(十)国际合作司
研究提出海关国际合作工作发展规划和年度计划并组织实施。研究拟订海关外事工作规章制度并组织实施，承办总署外事接待工作。组织协调与国际海关组织及有关国际机构的交流与合作，参与海关国际公约及法律文件的拟定，办理加入或接受手续并协调实施;组织协调有关国际谈判，办理签订合作协议的有关手续并协调实施。组织协调与外国、港澳台地区等海关的交流与合作、国际海关技术合作和海关互助合作协议的双边谈判，办理签订协议有关手续并协调实施。承办区域性海关国际合作会议、谈判及区域性海关国际合作框架内各国海关与我国海关的双边合作事务。
(十一)财务装备司
研究拟订海关(含缉私警察，下同)经费收支、税费上缴、财务会计、基本建设、固定资产、车船装备以及罚没财物等的管理规章制度并组织实施。审核、编制、管理全国海关的预、决算，办理各项经费的领拨和会计核算，负责海关系统国库集中支付工作。组织管理全国海关基本建设，审批下达基建任务，负责海关住房制度改革工作。负责全国海关各项税费资金以及罚没收入的管理和会计核算工作。管理全国海关固定资产、房地产和车船等交通工具、制服、业务单证等装备。负责罚没财物的保管、变卖、处置等工作。负责组织海关系统财物装备工作的监督检查。管理全国海关技术改造项目进口设备减免税立项审批和全国海关机电设备进口审批事项。
(十二)人事教育司
研究提出海关干部人事管理的规章制度并组织实施。研究提出海关工作人员职位分类、录用、考核、奖惩、任免、交流、回避、辞职辞退、申诉控告和管理监督等各项规章制度并组织实施。负责署管干部的考察、考核、任免、调配、交流、干部档案管理;后备干部的选拔培养;有关非署管干部的报批报备工作和直属海关单位领导班子配备调整及总署机关、在京直属海关单位以及驻外机构的人事管理工作。管理海关机构设置、人员编制和领导职数;负责海关系统职能配置。管理海关工作人员工资、福利待遇、社会保险和职称评审工作。
(十三)离退休干部办公室
贯彻党中央、国务院有关离退休干部工作的方针、政策，并根据离退休干部统一管理、待遇分开的原则，研究拟定海关离退休干部工作实施办法。组织总署机关离退休人员集体学习、过组织生活、阅读文件、通报情况和参加有关的政治活动，会同离退休人员党组织做好离退休人员的思想政治工作。负责总署机关离退休人员的医疗保健、离退休费、生活福利、健康休养和用车等日常服务管理工作。会同有关部门办理总署机关去世离退休人员的丧葬和善后处理事宜。检查指导各直属海关单位离退休干部工作。处理离退休干部来信来访和落实政策工作。
(十四)直属机关党委(思想政治工作办公室)
研究提出海关系统思想政治建设的规划并组织实施;培养、挖掘先进典型，组织相关表彰事项。研究提出海关系统准军事化纪律部队建设及精神文明建设、基层建设、文化建设等有关规章制度并组织实施。研究提出指导基层党团组织建设的规章制度并组织实施。负责总署机关及在京直属单位党的建设和思想政治工作;负责各级党员干部政治理论的学习、教育和培训;协助总署党组落实中心组学习制度，开好民主生活会;指导各支部按照党章规定开展工作。负责总署机关及在京直属单位党风廉政建设和反腐败工作，负责涉及总署机关及在京直属单位处级和处级以下党员、非党员干部职工的信访举报和案件的检查、审理工作。负责总署机关及在京直属单位的工会、妇女工作;指导直属机关团委组织开展青年的思想教育、知识学习、文体活动;负责总署机关的生活福利工作，组织开展机关文体活动。
(十五)政治部办公室
研究制定海关系统政治工作的有关制度、规定，拟制海关年度政治工作计划。指导直属海关政治部的有关工作，提出加强各级海关政治工作部门自身建设的意见和建议。负责总署政治部综合性文件起草督办和内部协调工作。指导海关内刊《金钥匙》。
(十六)督察内审司
研究制定海关内部执法监督工作制度。研究制定常规督察审计办法、专项督察审计办法并组织实施。研究制定海关系统内部审计工作制度。研究制定海关管理审计工作制度、财政财务收支、基建、采购以及海关所属事业单位审计办法并组织实施。对总署各内设部门依法履行职责、行使职权情况进行监督检查，完善督察审计意见建议书制度，加大对总署各部门决策的参与和监督力度。对全国海关开展执法监督和内部审计工作进行业务指导和协调。对海关缉私警察开展行政执法监督活动进行业务指导，对重大行政执法问题依据授权组织开展检查。研究制定海关关长任期经济责任审计工作制度并组织实施。联系协调审计署有关外审事宜。
(十七)中央纪委、监察部驻署纪检组、监察局
监督检查海关总署及海关系统贯彻执行党的路线方针政策和决议，遵守和执行国家法律、法规，执行国务院决定、命令的情况。监督检查海关总署党组和行政领导班子及其成员维护党的政治纪律，贯彻执行民主集中制，选拔任用领导干部，贯彻落实党风廉政建设责任制和廉政勤政的情况。经中央纪委批准，初步核实海关总署党组和行政领导班子及其成员违反党纪政纪的问题;参与调查海关总署党组和行政领导班子及其成员违反党纪政纪的案件;调查海关总署司局级干部和海关系统署管干部违反党纪政纪的案件及其他重要案件。协助海关总署党组和行政领导班子组织协调总署及海关系统的党风廉政建设和反腐败工作。受理对海关总署各级党组织、党员和行政监察对象的检举、控告，受理海关总署的党员和行政监察对象不服处分的申诉。承办总署巡视工作办公室有关工作。承办中央纪委、监察部交办和海关总署党组委托的其他事项。
