（一）性质不同。
税务行政复议是属于行政机关的行政活动，税务行政诉讼是属于司法机关的司法活动。
（二）管辖机关不同。
税务行政复议原则上由原处理机关的上一级税务机关或本级人民政府管辖;而税务行政诉讼则由人民法院管辖。
（三）审理方式和程序不同。
人民法院审理税务行政案件实行合议、回避、公开审判、两审终审和辩论制度;而税务复议机关审查税务复议案件以书面审查为原则(必要时才采取其他方式)，且实行一级复议制度。
（四）效力不同。
人民法院对税务行政案件的判决和裁定具有终局性，当事人对裁决和裁定不服只能进行申诉，且申诉不影响法院裁决的执行力;税务行政复议则不同，除国务院所作的裁决外，其他复议机关所作的税务行政复议决定不具有终局性，申请人对复议决定不服可向人民法院提起诉讼。
二、行政诉讼的有效期是多久？
行政诉讼起诉时效是：直接提起行政诉讼是六个月;复议后再提起行政诉讼，自收到复议决定书或复议期满之日起十五日内。因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
法律依据
《中华人民共和国行政诉讼法》第四十五条
公民、法人或者其他组织不服复议决定的，可以在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。复议机关逾期不作决定的，申请人可以在复议期满之日起十五日内向人民法院提起诉讼。法律另有规定的除外。
第四十六条
公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。
因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
行政诉讼起诉的时效是六个月的时间，也就是说双方当事人可以在六个月的时间内向人民法院申请行政诉讼，超过时间就不再受理了；同时行政诉讼和税收复议有一定的区别，税收复议发生在行政复议之前的，也就是说必须先税收复议。
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