1、处理机关不同。行政复议与行政诉讼的处理机关是不同的，前者是行政机关，后者是人民法院，即司法机关。
2、性质不同。处理机关的不同决定了它们行为性质上的区别：行政复议机关的复议行为属于行政行为，它是一种行政机关内部的层级监督制度，对相对人来说，这是一种行政救济的手段;而人民法院审理行政案件的活动属于司法活动，是人民法院对行政机关的监督活动，是人民法院行使司法权对行政行为的司法审查，对行政相对人来说这是一种诉讼救济的手段。前者受行政程序法即行政复议法调整，后者则受诉讼法即行政诉讼法支配。
3、受案范围不同。行政复议范围大于行政诉讼范围。属于行政诉讼范围的，必然属于行政复议范围;但属于行政复议范围的，未必属于行政诉讼的范围。行政诉讼的受案范围限于人身权和财产权方面：行政复议的受案范围除行政行为对人身权、财产权的侵犯外，还包括对受教育权和其他权利的侵犯。
4、审查标准不同。行政复议与行政诉讼都以行政行为为审查对象，但其审查标准是不同的。行政复议对行政行为是否合法与适当进行审查;行政诉讼原则上只对行政行为是否合法进行审查，对不适当的行政行为不予审查。此外，行政复议法对复议的申请范围作了扩大的规定，公民、法人或其他组织的合法权益受到更全面的保护。
5、审理方式和审理制度不同。行政复议是行政机关内部的上级对下级的监督监督制度，是高层级的行政权对低层级行政权的监督。所以监督是全面的，不仅限于对行政行为合法性的审查，还包括对行政行为合理性的审查。甚至不仅包括对行政行为的审查，而且在对行政行为审查的同时，还可以审查作为行政行为的依据的规章以下的行政规范性文件。行政复议一般实行书面复议制度，也就是说复议机关在审理复议案件时，仅就行政案件的书面材料进行审查，不传唤申请人、被申请人、证人或其他复议参加人到庭，这样可以节省时间精力和费用;而行政诉讼一般不实行书面审理制度，当事人双方必须到庭，相互答辩。行政复议实行一级复议制，也就是说对复议机关的复议决定，一般不得再请求复议;而行政诉讼实行两审终审制，当事人对一审裁判不服的，可依法向上一级人民法院提起上诉。而且行政诉讼是行使司法权来审查行政行为，一般只审查行政行为的合法性。对行政机关行使自由裁量权的合理性，则不属于审查范围。
6、处理权限不同。行政复议机关在复议中解决纠纷的权限与人民法院在行政诉讼中解决纠纷的权限大有区别。行政复议机关通过对原行政行为的合法性和合理性进行全面审查，依法可作出维持、责令履行、撤销、变更、确认、赔偿损失等行政复议决定。行政复议以变更原处理决定为常见，而行政诉讼则只能对显失公正的行政处罚予以变更。这是因为，在行政复议中，审查机关与被审查机关属于同一系统主体，而在行政诉讼中，审查机关是司法机关，被审查机关则是行政机关，是两个不同系统的主体，它们受到行政机关与司法机关分工的约束。
7、处理依据不同。行政复议案件的审理以法律、行政法规、地方性法规、规章以及上级行政机关制定和发布的具有普遍约束力的决定、命令为依据;而行政诉讼案件的审理则只能以法律、行政法规和地方性法规为依据，以行政规章为参照。
8、法律效力不同。行政复议一般没有最终的法律效力，相对人对复议不服，还可以提起行政诉讼;只有在法律规定复议裁决为终局裁决的情况下，复议才具有最终的法律效力，相对人不能再提起行政诉讼。只有全国人大及其常委会制定的法律才有权规定哪些案件的行政复议能够有终局裁决权。行政机关自己制定的行政法规和行政规章，不能为自己设定终局裁决权。地方法规也无权规定行政复议的终局裁决权。行政诉讼则具有最终的法律效力，无论有没有经过行政复议的案件，一经行政诉讼，诉讼的裁判结果就具有最终效力的结果，当事人必须遵行，不能再由行政机关复议。
在司法实践中，税收行政复议一般是向作出税收行政行为的行政机关提出的，而诉讼一般是向法院提出的，所以两者的具体处理程序并不相同，当事人在对行政机关作出的税收行政行为有异议的，可以根据实际的行政行为来选择合理的方式处理。
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