(1)性质和审查原则不同
税务行政复议是指当事人(纳税人、扣缴义务人、纳税担保人)认为税务机关及其工作人员作出的具体行政行为侵犯其合法权益，依法向上一级税务机关或作出具体行政行为的税务机关所属地方人民政府(复议机关)提出申请，复议机关经审理依法作出裁决解决税务行政争议的活动，是税务机关一种内部纠纷解决机制。
税务行政诉讼是指税务当事人认为税务机关及其工作人员作出的具体行政行为违法或不当，侵犯了其合法权益，依法向人民法院提起行政诉讼，由人民法院对具体税务行政行为的合法性进行审理并作出裁决的司法活动。税务行政诉讼通过司法途径保护税务当事人的合法权益，维护和监督税务机关依法行使行政职权，是一种司法救济制度。两者在行为性质和审查原则方面有以下两点区别：
第一，从行为的性质来看，税务行政复议只是税务机关内部的监督和制约机制，属于审查活动，具有初审性质，不具有终局性(国务院的终局裁决例外);而税务行政诉讼是通过人民法院进行审理和裁决的一种司法审查活动，是税务纠纷的最终解决方式，具有终局审查的性质。
第二，从审查的原则来看，税务行政复议可以同时对税务具体行政行为的合法性和合理性进行审查，申请人(纳税人、扣缴义务人、纳税担保人)认为具体行政行为所依据的规定不合法时，还可以对该依据提出附带审查申请(规定是指国家税务总局、国务院各部门、地方各级地税机关、县级以上各级人民政府制定的规范性文件，规章除外);而税务行政诉讼仅局限于对税务具体行政行为的合法性进行审查(以审查合理性为例外)，只审查税务具体行政行为的合法性是为了充分保证税务机关在行政执法活动中的独立性和自由裁量权。
(2)在适用上的顺序不同
纳税人、扣缴义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，必须先按照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议，对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院起诉;当事人对税务机关的处罚决定、强制执行措施或者税收保全措施不服的，可以依法申请税务行政复议，也可以依法向人民法院起诉。
在我国的法律法规的规定中，税务行政复议和税务行政诉讼作为两种不同的权利救济制度，是解决税务行政争议，规范税务行政行为，维护和监督税务机关依法行使行政执法权的重要途径，我们国家的各项规定都是在最大程度上维护公民的民事以及财产权益的。
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