土地增值税清算后应补缴的土地增值税加收滞纳金问题，纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。清算后主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。
土地增值税是指转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，以转让所取得的收入包括货币收入、实物收入和其他收入减除法定扣除项目金额后的增值额为计税依据向国家缴纳的一种税赋，不包括以继承、赠与方式无偿转让房地产的行为。纳税人为转让国有土地使用权及地上建筑物和其他附着物产权、并取得收入的单位和个人。课税对象是指有偿转让国有土地使用权及地上建筑物和其他附着物产权所取得的增值额。土地价格增值额是指转让房地产取得的收入减除规定的房地产开发成本、费用等支出后的余额。土地增值税实行四级超率累进税率。
土地增值税实际上就是反房地产暴利税，是指房地产经营企业等单位和个人，有偿转让国有土地使用权以及在房屋销售过程中获得的收入，扣除开发成本等支出后的增值部分，要按一定比例向国家缴纳的一种税费。当前中国的土地增值税实行四级超率累进税率，对土地增值率高的多征，增值率低的少征，无增值的不征，例如增值额大于20%未超过50%的部分，税率为30%，增值额超过200%的部分，则要按60%的税率进行征税。据专家测算，房地产项目毛利率只要达到34.63%以上，都需缴纳土地增值税。
关于转让旧房准予扣除项目的加计问题，纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。计算扣除项目时「每年」按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年;超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。
我国的税收是我国的法律法规中重要规定的一项，所以在日常生活中，纳税的时候要及时的保护自己的权益，明确纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。
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