一、立案
税务机关对受理的税务案件，都要听取知情人和有关单位及群众的意见，根据违章情况确定查处办法。
1、对违章事实比较清楚、情节轻微、数额较小、不需要组织调查即可定性的税务案件，可不立案。
2、对违章行为比较严重、情节恶劣、案情复杂、数额较大、涉及面广、影响较大、需要组织调查处理的税务案件，均应立案。具体立案标准，由省、自治区、直辖市税务局根据本地情况确定。
3、对需要立案查处的税务案件，由主管税务机关的主办单位或主办人员提出税务案件立案报告，经主管负责人审批后立案调查。
二、调查
立案后，办案税务机关应组成调查组，制定调查方案，经领导同意后实施。
1、调查时，应找知情人或被查处对象了解案发情况及有关线索;根据需要，查阅与被查处对象有关的帐簿、报表、票证等纳税资料，检查其商品、货物和资金往来情况，收集违章证据和有关资料。
2、调查机关和调查人员应将认定的事实同被查处对象见面，认真听取其申辩，然后写出调查报告。调查报告的主要内容应包括：立案依据、违章事实、问题性质、有关人员的责任、被查处对象的基本情况、态度和对其处理意见及其依据，以及调查机关(组)名称、调查人员(签名)和报告时间等。
3、案件查清后，应报经领导批准，转入定性处理。
三、处理
1、对一切违反税收法规的行为，都应按照《税收征管暂行条例》及其他有关税收法规的规定进行处理。对立案查处的税务案件，都应经过主管税务机关的严格审议。
(1)在做出处理决定或审查结论前，要指定专门机构或专人进行审理。
(2)审理人员应仔细审阅所有案件材料，如发现案情事实不清、证据不足、手续不全等情况，应让调查人员予以增补。
(3)审理结束后，审理人员应签署审理意见或写出审理报告，说明调查人员对案件的事实是否调查清楚，证据是否确凿，定性是否准确，处理意见是否恰当等，连同调查报告和其他有关材料一并报请领导审查决定。
2、对被查处对象主动交待的税务违章问题，可根据其书面交待的违章事实进行处理。如核实后发现交代不实的，还应按照有关规定处理。
3、对被查处对象拒不承认而证据确凿的税务案件，可定案处理。对已定性的税务案件，即可按规定进行处理，并根据不同情况按下列程序办理：
(1)由主管税务机关填写《税务违章处理通知书》，书面通知违章者执行，并注明有关复议事项。但在处理临时经营或其他异地经营者的违章行为时，对无法履行书面手续的，可不办理书面处理通知。
(2)违章者接收《税务违章处理通知书》应有签收手续。违章者为单位的，应由其负责人或其他主管人员在通知书的回单上签名和写明收件时间，并加盖违章单位的公章;违章者为个人的，应由其本人或其同住成年亲属在通知书的回单上签名、盖章、押印和写明收件时间。
(3)由邮局寄递《税务违章处理通知书》的，违章者应将通知书的回单寄(送)给发出的税务机关。
(4)对超过税务机关规定的期限而未缴纳税款、滞纳金、罚款的，税务机关应填写催缴《税款(滞纳金、罚款)通知书》，书面通知其限期执行。
(5)对违章者拒不执行处理决定的，县(市)以上(含县、市，下同)税务机关可采取以下措施：
①书面通知其开户银行扣缴入库。
③书面提请工商行政管理机关吊销其营业执照、停止其营业，限期缴纳。
④对临时经营者，经县(市)以上税务局长批准，可按规定扣留纳税人的部分货物，限期缴纳;对逾期仍未缴纳的，经县(市)以上税务局长批准，可将所扣留的货物变价抵缴其应缴的税款、滞纳金、罚款。
⑤采取上述1.2.3.4项措施无效时，可书面提请人民法院强制执行。
4、对税务违章情节达到检察机关受理偷税、抗税案件立案标准的，除特殊情况外，应由县(市)以上税务机关填写《税务案件移送书》，连同案件的有关材料，书面移送检察机关处理。
5、对冲击税务机关，以暴力威胁或围攻、殴打、侮辱税务人员的案件，应由县(市)以上税务机关填写《税务案件移送书》，书面移送公安机关或检察机关处理。如情况紧急时，可先报案，后补办书面移送手续。
6、对不立案的税务案件，由主办税务人员查清事实后，提出书面处理意见报经领导批准后处理;对不属于本级处理权限的，应书面报请上级税务机关处理。处理不立案的税务案件，也应作简要记载和保存有关资料。
7、对临时经营或其他异地经营者违反税收法规需要补税、加收滞纳金或罚款的，在时间紧事先不能履行报批手续的情况下，可由主管税务机关的主办单位或主办人员直接决定处理，事后应补办报批或备案手续。
8、对属于举报失实的案件，应予销案，必要时还应通知被查处对象及举报者。
四、复议
1、违章者同税务机关在税务违章处理问题上发生争议时，必须首先按照税务机关的处理决定执行，然后在《税务违章处理通知书》寄(送)达之日起10日内书面向上一级税务机关申请复议。上一级税务机关应当在接到申诉者的申请之日起30日内作出答复。逾期未答复或对答复不服的，申诉者可向人民法院起诉。违章者未按原处理决定执行或逾期申请复议的，税务机关不予受理。
2、《税务违章处理通知书》寄(送)达之日的确定：通知书由邮局寄递的，其寄达之日为违章单位接收通知书的人员或违章者个人、违章者个人的同住成年亲属在寄递通知书的挂号信回执上签收的时间;由税务机关派人送交的，其送达之日为违章单位接收通知书的人员或违章者个人、违章者个人的同住成年亲属在通知书回单上签收的时间。
在司法实践中，对于偷税漏税行为的认定，一般应当根据税务机关的相关税务法律规定来进行处理，对于具体的量刑和判决情况应当犯罪事实来进行，我国法律明确规定，对单位进行偷税漏税的，必须对主要领导或者负责人追究刑事责任。
延伸阅读：
偷税漏税处罚标准是什么？
偷税漏税多少构成犯罪？
偷税漏税企业所得税的处罚是什么？
