依照我国行政诉讼法的规定，一般情况下是到作出行政行为即订立行政合同的行政机关所在地提起诉讼，对不动产纠纷则应到不动产所在地提起诉讼;除非是对国务院部门或者县级以上的政府、海关到中院提起诉讼，其他一律到基层人民法院提起诉讼。
对行政合同履行过程中的纠纷提起诉讼应该提起的是行政诉讼还是民事诉讼?行政合同虽然叫合同但是按照我国的法律规定行政相对人应该提起行政诉讼，法院在审理订立行政合同这一具体行政行为时附带审查行政合同，这体现了国家对行政权的尊重。因此如果当事人提起了民事诉讼，法院应该告知其变更诉讼请求，提起民事诉讼。值得注意的的是行政合同能否提起行政复议，法律明确规定可以提起行政复议的协议仅限政府特许经营协议、土地、房屋等征收征用补偿协议和其他行政协议，其他合同是否能提起行政复议，只能以具体情况而定。
二、行政诉讼的流程
(1)起诉。行政诉讼实写"不告不来"原则，即当事人不起诉，人民法院不能主动受理。
(2)受理。人民法院经审查认为符合起诉条件的，应当在7日内立案受理。经审查不符合起诉条件的，在法定期限内裁定不予受理。人民法院经过审查受理后，进入一审程序。此时，人民法院指定审判员组成合议庭，或者由审判员、陪审员组成合议庭。当事人认为审判人员与本案有利害关系或者有其他关系，可能影响公正审判的，有权申请审判人员回避。人民法院审理行政案件，以法律和行政法规、地方性法规为依据(地方性法规适用于本行政区域内发生的行政案件)。审理民族自治地方的行政案件，并以该民族自治地方的自治条例和单行条例为依据。同时，参照国务院部、委根据法律和国务院的行政法规、决定、命令制定、发布的规章及省、自治区、直辖市和省、自治区的人民政府所在地的市和经国务院批准的较大的市的人民政府根据法律和国务院的行政法规制定、发布的规章。人民法院应当在立案之日起 3 个月内作出第一审判决。有特殊情况需延长的，由高级人民法院批准。高级人民法院审理第一审案件需延长的，由最高人民法院批准。
(3)审理。人民法院审理的主要内容是对具体行政行为的合法性进行审查。人民法院审理行政案件，不适用调解。
行政合同是行政机关为实现公共利益或者行政管理目标，在法定职责范围内，与公民、法人或者其他组织协商订立的合同，常见的行政合同如政府特许经营协议、土地征收补偿协议。由此我们可以看出，行政合同有如下特点：
(2)合同的订立是以公共利益或者行政机关执行行政权力(行政管理)为目的，签订的合同。
(3)作为一方的行政主体与合同相对人的权利义务是不对等的，行政合同中往往体现了行政机关的公权力，即行政优益权。
(4)行政合同的订立需要行政机关与行政相对人意思表示一致，有着合同的属性。
行政合同缔结前期是经过合同双方当事人协商达成的一致意思表示，当中也自然有私法的属性。但是归根结底，行政合同是行政机关在行使管理职能的过程中，为了公共利益或者事务，与行政合同相对人达成的协商一致。在缔结合同阶段、合同履行阶段以及合同的监督方面，都有行政机关公权力的体现。就行政合同本身而言，虽具合同性，但行政法律属性更突显，即行政性是第一性，和同性是第二性。因此，即使行政合同的形式上有私法体现，但是在本质上仍然不能给予合同双方完全的意思自治，仍属于公法范畴。行政合同争议适用行政诉讼法理所当然。
由此可见，行政机关当地的基层民事法庭就有权管辖行政合同纠纷，如果在行政合同当中约定的事引发了纠纷之后，双方先通过行政复议的这种方式来解决。那另一方不能直接提起行政诉讼，法院也并不会受理，行政诉讼开始以后，根据引发纠纷的具体原因，行政诉讼并不全都适用于谁主张谁举证原则。
延伸阅读：
中华人民共和国行政诉讼法
行政诉讼不受理怎么办？
行政诉讼法修改看点
