不予行政处罚案件应当出具决定书并告知当事人。根据《行政处罚法》的规定，有3种情况可以不予处罚：不满14周岁的人有违法行为的，不予行政处罚;精神病人在不能辨认或者不能控制自己行为时有违法行为的，不予行政处罚;违法行为轻微并经及时纠正，没有造成危害后果的，不予行政处罚。这3种情况都以当事人违法为前提，只是由于当事人符合法定的其他条件才不对其实施行政处罚。虽然工商机关未对其进行行政处罚，但毕竟将当事人的行为定性为违法，当事人完全有理由认为工商机关对其行为性质的认定错误而进行复议或诉讼。即使当事人对工商机关的定性无异议，也不能排除当事人认为处罚程序失当的可能。在某些特定情形下，当事人有可能主张处罚程序失当造成当事人精神或物质利益受损。因此，根据正当法律程序原则，即使对当事人不予行政处罚，仍然有必要制作相关法律文书告知当事人。
相关知识：
行政主体通过调查、取证，且听取了被指控人的申辩后，如审查确认违法事实确实存在，且事实清楚，证据确凿，即可依法根据情节轻重及具体情况作出行政处罚决定书;如认为违法行为不存在或被指控的事实不能成立的，则不得给予行政处罚，应制作撤销案件决定书;如被指控人确实有违法行为，但情节显著轻微，依法可不予行政处罚的，可作出不予行政处罚决定书;如认为被控人不仅有违法行为，且该行为已构成犯罪的，则应将有关材料移送司法机关处理，应制作移送案件(线索)决定书。
调查终结，行政机关负责人应当对调查结果进行审查，根据不同情况，分别作出如下决定：
(一)确有应受行政处罚的违法行为的，根据情节轻重及具体情况，作出行政处罚决定;
(四)违法行为已构成犯罪的，移送司法机关。
对情节复杂或者重大违法行为给予较重的行政处罚，行政机关的负责人应当集体讨论决定。
综上所述，如果行政机关确定了公民的违法并没有严重到必须要处罚的地步或者说受罚的主体是在法律的特殊保护之下的，就会直接撤销处罚或者直接作出不予处罚的决定，并且需要制定相应的文书来通知当事人最后的处理结果以免产生行政纠纷。
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