由于企业在存续期间，与多方当事人都建立债权债务关系，故而要求企业在改制前，必须完成债务的清偿。但是有些企业在改制过程中，会故意隐瞒部分债务，此时债权人可能会提出诉讼请求，在提起企业改制行政诉讼时，需要注意的问题是比较多的。
一、最高院通过的《最高人民法院关于审理与企业改制相关民事纠纷案件若干问题的规定》在解决了企业改制诉讼中的重要实体问题的同时，也就改制诉讼中的程序问题作了规定与明确。
1、在受案范围上，该规定明确人民法院受理平等民事主体间在企业产权制度改造中发生的民事纠纷案件，包括：企业公司制改造中发生的民事纠纷、企业股份合作制改造中发生的民事纠纷、企业分立中发生的民事纠纷、企业债权转股权纠纷、企业出售合同纠纷、企业兼并合同纠纷等。这些纠纷具有主体平等性、自愿性、等价有偿性等民事法律特性，因而具备可诉性。
但对于政府主管部门在对企业国有资产进行行政性调整、划转过程中发生的的纠纷，当事人(指政府行政行为指向的直接相对人)向人民法院提起民事诉讼的，人民法院不予受理。这类纠纷源于政府机关(行政主体)与其下属的企业(相对人)之间就国有资产在国有资产运营体系内的重新分配、调整行为的效力问题产生争议，由于争议双方的身份不平等，且争议属行政争议，因此应按行政程序加以解决。《最高人民法院关于因政府调整划转企业国有资产引起的纠纷是否受理问题的批复》中也明确人民法院对此类案件不予受理。国有资产管理局在1998年发布了《关于国有资产产权纠纷调处工作有关政策问题的通知》为国有资产产权纠纷的调处工作提供了依据。所以，解决企业改制纠纷应该首先明确争议各方的主体身份和争议性质，然后视情况进入行政程序或民事诉讼程序。
2、企业改制诉讼中诉讼主体的确定，主要是指对被告或责任承担者的确定，这要依诉讼的争议内容来明确。对于债务纠纷，若当事人有合法有效约定，依约定的内容确定;若被改制企业仍以企业法人资格存续的，则一般由改制后的企业承担改制前的债务;若被改制企业丧失企业法人资格或注销的，一般由改制后的企业的资产所有人承担民事责任;若是遗漏或隐瞒债务，则根据有关除权期的规定确定责任的承担主体;若是留下空壳企业以逃废债务的，要追加真正的责任主体。对于其他纠纷，如企业出售合同效力纠纷、企业兼并协议的效力纠纷，则直接以争议双方中的对方当事人为被告。
但也有一些地方在改制的过程中利用国家法律、法规的漏洞，使责任主体不易确定。这时，就应结合《民事诉讼法》、《最高人民法院关于审理与企业改制相关民事纠纷案件若干问题的规定》、《最高人民法院关于人民法院在审理企业破产和改制案件中切实防止债务人逃废债务的紧急通知》等法律、司法解释的内容综合加以判断。
二、最高人民法院关于审理与企业改制相关民事纠纷案件若干问题的规定中的实体内容。
1、如何认定企业改制的法律效力。根据最高人民法院的相关司法解释和有关改制文件，对于已进行的企业改制行为应从以下几个方面判断其效力：
(1)对国有资产进行重大处置的改制方案或相关合同是否得到有审批权限的政府机关或政府的审批(一般情况下由国有资产管理局批准，但涉及国有资产出售的应由有审批权的人民政府审批)。没有经过审批的，一般应认定为无效，但对企业兼并合同，当事人在一审法庭辩论终结前补办报批手续的，人民法院应当确认该兼并协议有效。
(2)是否经过严格的资产清查和资产评估程序，清查报告和资产评估报告是否得到有关政
府机关(一般是国有资产管理局或财政局)确认和批准。
(3)负有金融债务的企业进行改制是否依照国家的有关强制性规定，进行了金融债权保全(即负债的企业对所负的金融债务的偿还作出切实可行的安排并得到债权人的认可由其出具有关书面文件)。没有进行保全的，一般不得进行改制。
(4)改制涉及到对国有资产的处置时，应到国有资产管理机关办理相关的国有资产产权的设立、变更、注销登记。没有登记的，一般不发生(产权变动)改制的效力。
(5)如改制中有关的合同存在可撤销的事由，则改制的效力取决于撤销权人是否行使撤销权，当然，行使撤销权应在法定的除斥期间以内。
(6)对于企业改制过程中，因为各种原因遗漏或隐瞒原企业的债务或企业职工的安置存在
疏漏的，一般应维持改制的效力，由各方协商妥善处理遗留问题，以避免因为宣布改制无效而引起的资源浪费和社会不安定因素。
(7)企业在改制后，是否依法进行了相关的企业法人变更、注销登记，若没有登记的，应督促其登记;若发生债务纠纷的，应追加真正的责任主体，但一般不发生改制无效的后果。
上述内容仅第一项直接规定在司法解释中，其他六项是本人结合其他规定和多年的办案经验总结出来的，这里系统地介绍给诸位，以供大家在实践中参考运用。
(1)尊重当事人意思自治原则
即原企业(或原企业的出资人)、改制后的企业(改制后的企业的出资人)与债权人之间就改制后原有债务如何承担达成协议的，只要该协议不存在无效或可撤销事由，当事人和人民法院应该尊重该协议的效力。企业债权转股权的改制方式在本质上也是当事人意思自治的一种体现。
(2)法人独立责任与股东有限责任原则
企业改制在很多情况下只是企业的出资人的变更，其法人资格并为消灭，因此在改制之后，仍应由改制企业承担原有债务，企业的出资人以其出资为限对企业债务承担有限责任。
(3)企业债务随责任财产转移而转移原则
即为了使债权人的债权实现有可靠的物质保障，被改制企业的所有财产被视为其对外承担责任的担保财产(所谓责任财产)，在当事人无相反约定的情况下，被改制企业的债务随企业责任财产的转移而转移。在以企业分立、企业整体出售、企业兼并等形式进行改制的，被改制企业的债务一般由接受该企业资产的民事主体在接受改制企业资产的范围内承担。
(4)债务的处理
对于改制过程中遗漏或隐瞒的债务，该司法解释设定了债权人的申权期与除权期，在该除权期(自第一次公告之日起90天以内)内债权人向被改制企业的原出资人(资产管理人)申报债权的，一般由改制后的企业或其新出资人承担债务后再向原出资人(资产管理人)追偿;对于在该除权期内债权人未向被改制企业的原出资人(资产管理人)申报债权的，债权人丧失向改制后的企业或其新出资人主张权利的权利，其只能向被改制企业的原出资人(资产管理人)主张权利。对于被改制企业的原出资人(资产管理人)没有公告或通知债权人的，发生隐瞒或遗漏债务由谁直接承担，新的司法解释没有明确规定，但根据以前的司法解释，应由被改制企业的原出资人(资产管理人)直接向债权人承担债务。
(5)连带责任原则
这主要适用于企业分立(司法解释第12条)和债务人借企业公司制改造逃债(司法解释第6、7条)的情况下，以加强对债权人的利益实现的保护，同时明确了妄图借企业改制而逃废债务的企业的财产责任。另外，对于企业债权人与负债企业之间就债权转股权问题达成协议的(非政策性债权转股权)，只要不违反国家的法律法规的强行性规定，且是当事人真实意思表示的结果，就应该得到当事人和人民法院的尊重。部分债权人进行债权转股权的行为，不影响其他债权人向负债企业主张债权，这就是所谓合同或债权的相对性的要求。
由此我们可以看出，由企业改制所引起的纠纷是民事纠纷，适用的法律是民事规范。针对审理此类案件较为困难的局面，国家立法机关也制定了一些法律规范，在审理案件时，法官需要以法律条文的规定为原则，按照程序进行审理。
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