1、审判难，撤诉率高。
在我国行政审判实践中,撤诉率一直居高不下,撤诉成为行政案件结案的主要方式。行政审判中出现的撤诉,有一部分是被告变更具体行政行为或者是原告明知自己理亏而撤诉,
如新余两级法院受理的5件行政不作为诉讼案件，均以被告履行了法定职责、原告撤诉结案。但更多的属于非正常撤诉。所谓非正常撤诉是指在行政审判中,原告在自己的合法权益未能充分得到保护的情况下,因受到外界的影响或不当干预,被迫放弃自己的诉讼权利而撤回起诉。[杨成，邵毅超：《我国行政审判存在的问题及其根源分析
2、执行难，效果欠佳。
《中华人民共和国行政诉讼法》第65条第3款第2、3、4项规定，对行政机关拒绝履行判决裁定的，人民法院可采取三条措施：一是在判决规定的期限内不履行职责的，从期满之日起，对行政机关按日处50元至100元的罚款;二是向该行政机关的上一级行政机关或者监察、人事机关提出司法建议;三是对拒不履行判决、裁定，情节严重构成犯罪的，依法追究主管人员和直接责任人员的刑事责任。但是这些措施都不具有执行的直接性，因而在司法实践中，判决责令行政机关限期履行，行政机关不依限定期限履行或久拖不作，人民法院对此仍无法执行。
1、立法不健全，缺乏审理依据。
行政不作为诉讼案件与普通行政案件相比，在诉讼主体、起诉期限、举证责任等方面具有其自身特点，而《中华人民共和国行政诉讼法》及司法解释对行政不作为诉讼的规定并不多，虽然对行政不作为的起诉期限、举证责任、判决方式等提供了基本规则，但对诸如确定和掌握行政诉讼受案范围、司法审查标准、判决形式的具体适用等，均没有明确具体的规定。对于行政不作为诉讼中的这些问题，从行政诉讼法立法阶段，到颁布之后乃至现在;无论是立法机关、行政机关、司法机关还是行政法学界，出于不同角度及各个层面，均存在着一些认识、理解上的差异抑或争议，因而在审理个案中，因欠缺审理依据而导致各地司法审判标准不一。鉴于此，在本文的第四部分，笔者试依据现行有关法律和司法解释，结合行政审判实践，对此作些粗浅的思考与探究。
2、依法行政意识淡薄，司法环境不理想。
个别地方的党政领导行政法治观念淡薄，行政集权意识、长官意志浓厚。出于狭隘的地方和部门利益考虑，对行政诉讼不理解、不支持。认为法院对行政行为的司法审查束缚其行使行政职能，以领导指示、党委政府意见、协调会、联席会等方式予以干涉，在涉及城建、规划、土地等一些所谓政府形象的行政行为时尤为突出。另外，许多公民对行政救济途径缺乏一般性了解，发生行政争议后，不知告、不会告、不愿告、不敢告的情况较为普遍，难以形成依法申请司法救济的理想环境。加之有些行政执法机关对自已作出的行政行为心里没底，怕当被告怕败诉，通过各种方式给相对人施加压力，使一些相对人怕起诉后遭到报复，今后可能会受到更为不利的影响，而对行政诉讼望而却步。
在司法实践中，对于行政不作为的处理一般是国家机关工作人员在办理相关行政审批事项时，存在没有及时处理或者拖拉不处理的情况，在司法监管的层面上，也存在难以对相关犯罪事实进行认定和处理的情况，具体情况结合实际而定。
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