民事案件强制执行行政机关协助执行的依据是，在执行中，需要办理有关财产权证照转移手续的，人民法院可以向有关单位发出协助执行通知书，有关单位必须办理。
《民事诉讼法》
第二百五十八条 在执行中，需要办理有关财产权证照转移手续的，人民法院可以向有关单位发出协助执行通知书，有关单位必须办理。
2、申请执行人是生效法律文书确定的权利人或其继承人、权利承受人。
3、申请执行人在法定期限内提出申请。
4、义务人在生效法律文书确定的期限内未履行义务。
5、申请执行的法律文书有给付内容，且执行标的和被执行人明确。
6、向有管辖权的人民法院申请执行。
(1)从执行主体看，我国行政强制执行的主体在一般情况下为人民法院;但在法律规定的情况下，也可以是行政机关。这与民事强制执行的主体只能是司法机关不同。
(2)从执行依据看，行政强制执行的依据是行政处理决定，即使在由司法机关强制执行的情况下，其执行依据也是行政处理决定。而民事强制执行的依据是已经生效的人民法院或仲裁机关的判决、裁定或调解等法律文书。
(3)从执行对象看，行政强制执行的对象比较广泛，可以是物，也可以是行为和人身。而民事强制的对象仅限于物。
(4)从执行结果看，行政强制执行不存在执行和解，只能强迫义务人履行义务;民事强制执行则可以执行和解。
事实上，在法院强制执行的过程中，相关单位都有协助执行的义务，例如法院向被执行人所在公司发出了协助执行通知书之后，所在单位可以按照协助执行通知书的具体要求，将属于被执行人的工资直接发给法律文书中指定的义务人，这也是协助执行的表现形式。
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