当事人拒绝做询问笔录，只要证据充分，可以作出行政处罚决定，不影响下达行政处罚事先告知书。
《中华人民共和国行政处罚法》第37条在行政执法人员进行调查或者检查时，“当事人或者有关人员应当如实回答询问，并协助调查或者检查，不得阻挠。询问或者检查应当制作笔录。”现场检查、询问笔录作为证据的种类之一，其有效性以收集证据的程序和方法是否符合法律规定为转移。
二、调查询问应坚持的原则及注意事项
1、坚持合法性原则。证据必须依法取得，违法获取的证据不能作为定案的依据。药监部门在管辖的职权范围内，可以依法进行调查。但在调查时必须按照法定程序进行，如;表明身份，执法人员必须二人以上在场，笔录交被调查人审阅确认并签名等等。执法人员只有依法调查才能保证调查成果的质量，也才能作为有效的证据使用。
2、坚持实是求事原则。《行政处罚法》第四条第二款规定，“设定和实施行政处罚必须以事实为依据”，因此在调查询问和做笔录时应遵循实是求事原则，不能凭空捏造事实，对检查中获得的证据材料在调查询问和查证中加以鉴别和补充，去伪存真。重证据，重调查研究，对询问中的口供不论对当事人有利的还是不利的，都必须加以重视。
3、坚持“五不放过”原则。做调查笔录时，调查人员一定要耐心、细心，坚持案件查处“五不放过”原则，即：案件没有搞清的不放过，假劣药械的来源和去向不查清的不放过，涉嫌单位、责任人不查清不放过，案件产生原因不分析透不放过，涉案人员未得到应有惩处不放过。 对被调查人员提供的有关情况进行科学判定，决不放过任何一点蛛丝马迹，避免只片面地调查，而使许多有价值线索被遗漏。
4、询问人员应遵守执法人员行为规范，维护执法人员的良好形象，做到认真而不强硬、仔细而不繁琐、亲切而不随便，询问的语言应文明合法，纯洁健康，言简意赅，通俗易懂，逻辑性强。
5、询问应个别进行，对两个或两个以上的询问对象，应当分别进行询问，以防串供或其他不可预测事件的发生。询问的情况，检查人员应写成笔录，要一人一笔录，即每份笔录只记录一个被调查人情况，并告知被询问人不如实提供情况应承担的法律责任。
6、在笔录过程中，其它相关人员应当回避。执法人员只能对药械相关的情况进行调查询问，不得询问与案件无关的问题，涉及国家秘密、商业机密和个人隐私的，如果与案件有关可以询问，但必须采取保密措施。对当事人可以教育，但不得采用逼供、诱供、限制或变相限制人身自由及其它非法的方式方法。
因为当事人正确的做法反而是应该配合工作人员做笔录，把内心真实的想法如实的告知。如果自己认为拒绝做笔录就没有办法实施行政处罚的话，有这种想法就大错特错了，行政机关做笔录也只不过是遵循当事人某种表达的权利，如果不配合，在证据充分的情况下不受任何影响。
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