行政案件的案由分为：作为类案件、不作为类案件、行政赔偿类案件
在立案审查阶段，可以根据当事人的起诉确定初步案由。在审理阶段，如果发现初步确定的案由不准确时，应当根据审理后确定的法律关系性质来确定结案案由。因此，本规定既适用于审查起诉阶段，也适用于审理阶段，但法律文书和卷宗封面等均应以结案案由为准。
二、相关知识
(一)作为类案件案由的构成要素和确定方法
确定作为类案件案由的基本方法是划分案件的类别，以行政管理范围为“类”，以具体行政行为种类为“别”进行构造。案由的结构应当具备以下两个要素：
1、行政管理范围。行政管理范围是指行政主体代表国家管理行政事务的领域。以行政管理范围作为行政案件案由的第一个要素，将行政案件初步分为“公安”、“工商”、“税务”等行政纠纷，从类上区别开来。
一般情况下，以行政管理范围作为案由的第一构成要素，分类后无需再作分解，如海关、计划生育、税务等，直接以“海关”、“计划生育”、“税务”作为案由第一构成要素;对个别行政管理范围比较宽泛的领域，如公安行政管理，可细分为治安管理、消防管理等，可以细化、分解后的具体管理范围，将“治安”、“消防”等作为第一构成要素用语。是否分解，应当结合案件实际，以表述简洁、清楚为原则。
2、具体行政行为种类。以具体行政行为的种类或性质，如“行政处罚”、“行政许可”、“行政确认”等，作为案由的第二个构成要素。具体行政行为的表现形式，如行政处罚中的罚款、拘留等，不以构成要素出现，而均以“行政处罚”代之。
综合上述两个要素，行政作为类案件案由的结构为：管理范围 具体行政行为种类。以诉公安机关所作的行政拘留处罚为例，案由应确定为：“治安行政处罚”。“治安”为公安行政管理范围之下具体的治安管理;“行政处罚”则是具体行政行为的种类，不用具体的处罚形式“拘留”进行表述。以海关作出没收走私物品的行为为例，其案由应确定为“海关行政处罚”。海关管理范围相对窄一些，无需再作分解，可直接以“海关”作为第一构成要素。
(二)不作为类案件案由的构成要素和确定方法
不作为类案件的案由，原则上仍适用上述作为类案件的两种构成要素的结构，但又要体现此类案件的特色，其确定方法是：以“诉”作为此类案件案由的第一个构成要素;以行政主体的类别作为第二个构成要素，如“工商行政管理机关”、“海关”等;以不履行特定行政职责或义务作为第三个构成要素。以公安机关不履行保护人身权法定职责案为例，案由确定为“诉公安机关不履行保护人身权法定职责”。“履行……法定职责”中要求履行的是何种职责，应当根据案件的具体情况确定，如可以具体区分为“诉XX(行政主体)不履行保护人身权(财产权)法定职责”、“诉XX(行政主体)不履行行政合同义务”、“诉XX(房屋管理机关等)不履行登记法定职责”等等。
行政赔偿类案件分为两种情况，即一并提起行政赔偿和单独提起行政赔偿。对于一并提起的行政赔偿案件，在被诉具体行政行为案件案由后加“及行政赔偿”一语即可。如“工商行政登记及行政赔偿”;“诉公安机关不履行保护人身权法定职责及行政赔偿”等。对于单独提起行政赔偿的案件，案由的确定方法为：行政管理范围 行政赔偿。以税务工作人员在执法中致人伤亡单独提起行政赔偿之诉为例，如“税务行政赔偿”等。
行政处罚相对人和其他普通民众只需要对行政处罚的立案案由有一个大概的理解就行了，比如我们申请行政赔偿的话，那立案案由自然就是行政赔偿类，还有些行政处罚起因就是因为不履行相关的责任和义务，按照不作为类案件进行立案，确认行政行为的案由是立案调查的基础。
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