1、原因不同。两者都是国家对行政机关及其工作人员在行政管理过程中损害公民、法人或者其他组织合法权益所采取的补救措施，但是，行政赔偿所针对的损害是行政机关及其工作人员的违法行为，而行政补偿针对的是合法行为。
3、程度不同。行政赔偿对公民、法人或者其他组织合法权益的补救程度不如行政补偿充分。
4、程序不同。行政补偿可能是在损害发生之前由行政机关与公民协商解决，也可能是在损害发生之后由行政机关与之协商解决。
行政赔偿只能发生在侵权行为发生之后，由行政机关与公民协商解决。行政补偿和行政赔偿都可以适用调解。
但是，公民因与行政机关对行政补偿不能达成协议而起诉的，适用一般的行政诉讼程序;与行政赔偿义务机关对行政赔偿不能达成协议而起诉的，适用行政侵权赔偿诉讼程序。
5、性质不同。行政赔偿性质上属于行政法律责任，而行政补偿性质上属于具体行政行为。
6、依据不同。行政补偿的法律依据是有关的单行的部门法律法规，而行政赔偿的法律依据是《行政诉讼法》和《国家赔偿法》。
《国家赔偿法》
第三条 行政机关及其工作人员在行使行政职权时有下列侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：
(一)违法拘留或者违法采取限制公民人身自由的行政强制措施的;
(二)非法拘禁或者以其他方法非法剥夺公民人身自由的;
(三)以殴打、虐待等行为或者唆使、放纵他人以殴打、虐待等行为造成公民身体伤害或者死亡的;
(四)违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的;
(五)造成公民身体伤害或者死亡的其他违法行为。
第四条 行政机关及其工作人员在行使行政职权时有下列侵犯财产权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：
(一)违法实施罚款、吊销许可证和执照、责令停产停业、没收财物等行政处罚的;
(二)违法对财产采取查封、扣押、冻结等行政强制措施的;
(三)违法征收、征用财产的;
(四)造成财产损害的其他违法行为。
第五条 属于下列情形之一的，国家不承担赔偿责任：
(一)行政机关工作人员与行使职权无关的个人行为;
(二)因公民、法人和其他组织自己的行为致使损害发生的;
(三)法律规定的其他情形。
综上所述，行政补偿跟行政赔偿完全是两回事，简单理解的话，行政补偿是合法的，而行政赔偿是因为行政行为是违法的，行政赔偿的范围也小于行政补偿范围。但是，行政补偿和行政赔偿都可以调解处理。
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