医疗事故行政处罚的追究时效为两年，根据《行政处罚法》规定，行政处罚的追究时效为2年，在违法行为发生后2年内未被行政机关发现的，不再给予行政处罚;法律另有规定的除外。如修订后的《税收征管法》规定，违反税收法律、行政法规应当给予行政处罚的行为，在5年内未被发现的，不再给予行政处罚。根据《治安管理处罚法》规定，违反治安管理行为在6个月内没有被公安机关发现的，不再处罚。
行政处罚的追究时效，从违法行为发生之日起计算;违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。连续状态，是指行为人连续实施数个同一种类的违法行为;继续状态，是指一个违法行为在时间上的延续。
第三十七条 行政机关在调查或者进行检查时，执法人员不得少于两人，并应当向当事人或者有关人员出示证件。当事人或者有关人员应当如实回答询问，并协助调查或者检查，不得阻挠。询问或者检查应当制作笔录。
行政机关在收集证据时，可以采取抽样取证的方法;在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，经行政机关负责人批准，可以先行登记保存，并应当在七日内及时作出处理决定，在此期间，当事人或者有关人员不得销毁或者转移证据。
执法人员与当事人有直接利害关系的，应当回避。
第三十八条 调查终结，行政机关负责人应当对调查结果进行审查，根据不同情况，分别作出如下决定:
(一)确有应受行政处罚的违法行为的，根据情节轻重及具体情况，作出行政处罚决定;
(四)违法行为已构成犯罪的，移送司法机关。
对情节复杂或者重大违法行为给予较重的行政处罚，行政机关的负责人应当集体讨论决定。
在行政机关负责人作出决定之前，应当由从事行政处罚决定审核的人员进行审核。行政机关中初次从事行政处罚决定审核的人员，应当通过国家统一法律职业资格考试取得法律职业资格。
医疗事故发生后，需要由卫生管理部门对医疗事故的具体情况进行调查处理，涉及到具体的行政处罚事项，也应当基于实际的违法事实后果来进行办理，如果未在上述规定的追究时效内处理处理的，那么相关情况可以不予处罚。
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