医疗事故鉴定的鉴定部门是医学会。具体是：设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县(市)地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作。
有三种方式，包括：医患双方共同委托鉴定、卫生行政部门组织鉴定和法院指定鉴定。
1、医患双方共同委托鉴定的
如果医患双方在治疗过程中，发生医疗纠纷的，并且协商一致，通过医疗事故鉴定，来确定是否构成医疗事故、构成何种等级的医疗事故、医疗事故赔偿数额的。通过医疗事故鉴定来解决医疗纠纷的，可以由医疗纠纷双方当事人共同委托当地医学会组织医疗事故鉴定。
2、卫生行政部门组织鉴定的
如果当地的卫生行政部门，接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告，或者医疗事故争议当事人，要求处理医疗事故争议的申请后，卫生行政部门认为需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
3、法院要求鉴定的
根据中国诉讼法的相关规定，如果在医疗纠纷诉讼中，医疗机构和患者及其家属都没有提出医疗事故鉴定申请的，而主审法官认为有必要做事故纠纷的，那么法官自己也可以提出医疗事故鉴定的要求，启动医疗事故鉴定程序。
医疗纠纷诉讼案件种类很多，除了医疗事故损害赔偿案件外，还有医疗损害赔偿案件、医疗侵权赔偿案件、医疗服务合同纠纷等，而医疗事故技术鉴定只作是否构成医疗事故的结论，不能完全满足申请方其他案件的诉讼要求。
综合上面所说的，医疗事故如果在发生了之后，那么是可以请专业的鉴定部门对伤情进行鉴定，而对于负责此部门的一般都是由医学会来进行此行为，只要伤情鉴定出来了等级那么就可以依法的获得赔偿，所以，自己的权益就一定要懂得保护。
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