不合法。医疗纠纷向人民法院起诉后，人民法院不能直接委托医疗事故鉴定，而是由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
《中华人民共和国民事诉讼法》
第七十六条 鉴定程序启动方式
当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人;协商不成的，由人民法院指定。当事人未申请鉴定，人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。
《医疗事故处理条例》
第二十条 卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定;医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
二、医疗纠纷的起诉程序如何进行?
当事人可以向当地的医学会提出申请，当事人在提交相关材料后，医学会应该在45日内组织鉴定并得出鉴定结论。这就是采取下一步行动的依据，当然，如果对鉴定结论不服，可以申请上一级鉴定，但不能对鉴定委员会提起诉讼。
2、收集相关证据
当事人可以将医院的就诊记录(病历、发票、病情证明、诊断报告、手术记录等等)作为证据固定下来。
3、向法院提起诉讼
向法院提起诉讼需要以下材料：
(1)民事起诉状。民事起诉状可以委托相关专业人士起草，也可以自行草拟，文库里面也有很多的模版可以参考。
(2)原、被告身份信息。被告信息个人难以调取，可以委托律师进行查询。
4、开庭审理
一般分为以下几个阶段：开庭前准备;法庭调查阶段;法庭辩论阶段;最后陈诉阶段。
5、判决
开庭后，法院会在审理期限内进行判决，向原、被告及代理人送达判决书。
所以直接由法院委托医疗事故鉴定是肯定不合法的，因为当事人双方，他如果是需要对这个案件进行医疗事故的鉴定，必须由原被告双方中的一方向法院提出，不能够由法院直接去委托法院，它毕竟是属于司法机构，他必须要对案件处于一个非常公平的状态，不能够偏向于任何一方，也不能够干涉案件的进展。
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