医疗事故争议起诉处理时效是两年，在这个时间段里面，患者作为受害人都可以起诉。处理医疗事故，经医疗单位和病员及其家属通过自行协商，对医疗事故的确认(即定性)和处理不能达成协议时，应由当地医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定之后，由卫生行政部门进行处理。
医疗纠纷的种类较多，医疗纠纷诉讼中涉及的法律关系也较为复杂，因此权利人可从两个不同的角度选择诉讼案由，即医疗侵权纠纷和合同违约纠纷。选择的角度不同，则法律所规定的诉讼时效也就不同。对于医疗侵权纠纷，则适用1年的诉讼时效，而对于合同违约纠纷，则适用2年的诉讼时效。患者如与医院发生纠纷后欲追究医院侵权责任的诉讼，适用特殊诉讼时效期间，诉讼时效为1年;如把医疗纠纷作为一种医疗合同纠纷，则适用普通诉讼时效期间为2年。但在一般情况下，人民法院受理医疗纠纷案件大多以医疗侵权纠纷受理。因此作为患者及其家属，在发生医疗纠纷后，一定要注意诉讼时效的规定，不仅有利于证据的收集，也可避免因超过诉讼时效而使自己丧失胜诉的权利。
1、医患双方自行协商解决。《医疗事故处理办法》第11条规定：“病员及其家属和医疗单位对医疗事故或事件的确认和处理有争议时，可提请当地医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定，由卫生行政部门处理。”所谓“确认和处理有争议”，是指病员或其家属和医疗单位对诊疗护理过程中发生的病员死亡、残废等不良后果，在认识上不一致，即在定性上有不同认识，以及双方在认定性质上无分歧，即都认为属于医疗事故，但在处理上却各持不同意见。即使如此，当医疗事故或事件发生后，也首先要通过医疗单位和病员或其家属自行协商的方式予以确认和解决，而不应跨越这一步骤直接提请当地医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定，由卫生行政部门进行处理。
2、卫生行政部门的处理。医疗事故纠纷，经医疗单位和病员及其家属通过自行协商，对医疗事故的确认(即定性)和处理不能达成协议时，应由当地医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定之后，由卫生行政部门进行处理。
3、诉讼解决。所谓诉讼解决，是指通过人民法院的审理来解决医疗事故纠纷。诉讼解决可分为民事诉讼解决、刑事诉讼解决和行政诉讼解决三种途径。
从生活中经常能发现医生与患者之间存在紧张的医患关系，由于医疗事故导致患者常常不能痊愈的，或者病情严重的，通常患者家属这方就会与医生产生纠纷争执，其实最好的方法是通过合法的途径来解决，而医疗事故争议的处理时间为两年。
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