1、委托：医鉴办接受两种形式的委托：医患双方当事人共同委托;卫生行政部门交由医学会组织鉴定的委托。
2、受理：医鉴办接到委托书后，进行审核并出具受理通知书，自受理之日起5日内，通知双方当事人提供鉴定所需的材料。
3、组成鉴定组：医鉴办根据事故争议所涉及的学科，确定专家鉴定组的构成和人数，原则上至少为3人以上的单数，主要学科的专家不少于专家鉴定组成员的1。
4、组织鉴定：医鉴办在召开鉴定会前1周内通知医、患、鉴定专家三方。出席鉴定的双方当事人每一方人数不得超过3人。专家组进行讨论，经合议根据半数以上专家鉴定组成员的一致意见形成鉴定结论，并制作《医疗事故技术鉴定书》。
5、再次鉴定：任何一方当事人对首次医疗事故技术鉴定结论不服的，可以自收到首次鉴定书之日起15日内，向原受理申请的卫生行政部门提出再次鉴定的申请，或由双方当事人共同委托省、自治区、直辖市医学会组织再次鉴定。
我国的《医疗事故处理条例》规定：设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县(市)地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。也就是说，如果发生医疗纠纷的地点如果是一个市辖区的，那么就是在该区的医学会负责医疗事故鉴定工作;如果发生医疗事故的地点是不设区的市，或者县的，医疗事故鉴定机构应当就是当地的市、县的卫生局的医学会。
由于是分级鉴定的，鉴定后出具的医疗事故鉴定书，分别是XX市XX区医疗事故鉴定书，或者是XX市、XX县医疗事故鉴定书!
如果对初次的医疗事故鉴定结论不服的，往往都在鉴定文书的最后一页，规定当事人可以在15日内，向省、自治区、直辖市医学会，提出再次鉴定的申请，由省级医学会负责再次组织鉴定工作。这就是第二级医疗事故鉴定。
省级医疗事故鉴定的程序与市县级医疗事故鉴定的程序相同，鉴定机构往往设定在各地省会、直辖市卫生局、或者医学会，出具的医疗事故鉴定被告为：XX省(自治区)医疗事故鉴定书。
在我国的《医疗事故处理条例》的规定中，还规定了中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。这也就是我国的第三级医疗事故鉴定了!不过，与前两级医疗事故鉴定程序不同，中华医学会接受的医疗事故鉴定又了两个条件：第一、是不服市县级医疗事故鉴定和省级医疗事故鉴定的鉴定结论，也就是说前两级的医疗事故鉴定都已经做过!中华医学会是不可以直接作为第一、第二鉴定级，直接接受医疗事故鉴定的;第二、中华医学会接受的鉴定案件，只能够是病历疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗纠纷案件。符合“重大、复杂、疑难”的标准并不容易，因此，中华医学会受理的医疗事故鉴定的案件的数量是极少的。
医疗事故鉴定的结果可以作为医患双方解决医疗纠纷的依据，但并非所有的医疗纠纷在申请医疗事故鉴定的时候都会得到受理，根据规定医学会不予受理的医疗事故情形就包括非法行医造成患者身体健康损害的、当事人一方直接向医学会提出鉴定申请的等等。但是医学会不予受理，需要具体说明理由。
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