关于鉴定结论的效力问题，司法实践中，一般有两种观点，一种观点认为是人民法院处理的唯一依据，而另一种观点认为是医疗行政主管部门对医疗机构进行行政处罚的主要依据，对于人民法院来说只是审理医疗纠纷的一种证据，但不是唯一证据。
持前一种观点的同志认为，结论是处理医疗纠纷的唯一依据，在医疗纠纷举证责任倒置的情形下，只要医疗机构不申请医疗事故技术鉴定，就是不能证明自己的医疗行为和损害结果无因果关系，或者自己的医疗行为无过错，就要承担举证不能的法律后果。只有医疗行为经鉴定后认为确实构成医疗事故的，患者才可以要求赔偿。如果不构成医疗事故，患者就无权要求赔偿，医疗机构也就不需要承担赔偿责任。
笔者持后一种观点。理由是：
一、鉴定结论有其主观性的一面。鉴定结论是鉴定人运用专门的知识和科技手段，根据送检的鉴定材料，有针对性地进行检查、测试、鉴别分析后作出的一种结论。虽然鉴定结论具有一定的科学性，但鉴定是由人完成的，是人的主观认识客观的结果，鉴定人的认识能力、认识条件对其结论的形成均有一定的影响，鉴定结论的得出并不必然与客观事实一致，因而不是绝对正确的。鉴定结论作为证据的一种，在英美法系国家与普通证人证言并无本质的不同，能否被采纳完全由法庭决定。
二、《医疗事故处理条例》仅是一部行政法规。大家都知道，医疗事故鉴定一直是患者打医疗纠纷官司一道难以逾越的门槛。当初，《医疗事故处理办法》因为种种不合理的规定没少让患者作难。2002年《医疗事故处理条例》的出台，与其说是“千呼万唤始出来”，倒不如说是“被逼无奈出闺阁”。因为新的《医疗事故处理条例》仍然存在着“革命不彻底性”。“医疗事故”这一概念实际上是对行政责任的界定。“因为我国目前还没有侵权行为法或一部专门性的立法来调整医疗损害赔偿纠纷，以《医疗事故处理条例》这样一部行政法规来调整完全属于民事法律关系的医疗损害赔偿纠纷显得力不从心 ”笔者认为，当《民法通则》对于医疗损害的赔偿无具体明确的规定时参照其适用无可厚非，这也是解决医疗损害赔偿的权宜之计，但是，在最高法院《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》出台后，就应当适用该规定。
三、作出鉴定结论的医学会与被鉴定的医疗机构有着千丝万缕的关系。首先，看似中立的医学会实际上并非完全独立于医疗卫生系统，国家每年只拨给医学会很少的运作经费，医学会得以正常运作仍然要靠医疗卫生系统的支持。因此，医学会不敢得罪“后台老板”。其次，医学会所组织的鉴定专家几乎全部是卫生系统的医生，如此换汤不换药的改革自然难以根治医疗事故鉴定之痼疾。所以难怪有人说，以前是“老子给儿子鉴定”，现在是“老子给侄子鉴定”，或者说是“兄弟姐妹相互鉴定”。再者，我国立法关于鉴定机构责任制度的规定存在重大疏漏，《刑事诉讼法》第一百二十条规定：“鉴定人故意作虚假鉴定的，应当承担法律责任”，这是现行法律中唯一关于鉴定人法律责任的规定，但具体如何承担，无从而知，从而导致鉴定机构及鉴定人的不负责任。如一位专家曾在媒体上自曝了医疗事故鉴定的“潜规则”：一是对于责任不很明显的，鉴定组一般会本着“放一马”的原则，鉴定不构成医疗事故；二是对于给患者造成严重后果的，医院过错很明显的纠纷，避重就轻降低事故等级；三是民营、公立医院区别对待。由于鉴定专家大多数来自公立大医院，对跟公立医院抢生意的民营医院本来就没好感，再加上民营医院的一些医生水平确实存在问题，结果自然可想而知了。
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