1.从鉴定的启动次序上看，医疗事故技术鉴定要先于医疗过错司法鉴定，只有经医疗事故技术鉴定不构成医疗事故的才可以进行医疗过错司法鉴定。
2.从鉴定的委托形式上看，首次医疗事故技术鉴定只能委托当地设区的市级医学会，再次鉴定只能委托所属省的省级医学会;必要时，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。医疗事故技术鉴定具有明显的地域性及层级性。而医疗过错司法鉴定不受地域范围的限制，各鉴定机构之间也没有隶属关系。
3.从鉴定程序上看，医疗事故技术鉴定时，医学会应当根据医疗事故争议所涉及的学科专业，确定专家鉴定组的构成和人数。专家鉴定组进行医疗事故技术鉴定，实行合议制。而司法鉴定是由鉴定机构指定或者选择二名司法鉴定人共同进行鉴定;司法鉴定机构在进行鉴定的过程中，遇有特别复杂、疑难、特殊技术问题的，可以向本机构以外的相关专业领域的专家进行咨询，但最终的鉴定意见应当由本机构的司法鉴定人出具。
4.从证据的形式上看，医疗事故技术鉴定书只盖医学会医疗事故技术鉴定专用印章，专家鉴定组成员并不在鉴定书上签字，因此，专家鉴定组成员也不可能出庭接受当事人质询，这是医疗事故技术鉴定书作为证据使用的明显缺陷。而医疗过错司法鉴定实行鉴定人负责制，司法鉴定应当由司法鉴定人签名或者盖章;司法鉴定人经人民法院依法通知，应当出庭作证，回答与鉴定事项有关的问题。
二、司法鉴定的原则
司法鉴定合法性原则，是指司法鉴定活动必须严格遵守国家法律、法规的规定。它是评断鉴定过程与结果是 否合法和鉴定结论是否具备证据效力的前提。
这一原则在立法和鉴定过程中主要体现为：鉴定主体合法;鉴定材料合法;鉴定程序合法;鉴定步骤、方法、标准合 法;鉴定结果合法五个方面。
1、司法鉴定机构必须是按法律、法规、部门规章规定，经过省级以上司法机关审批，取得司法鉴定实施权的法定鉴定机构，或按规定程序委托的特定鉴定机构。司法鉴定人必须是具备规定的条件，获得司法鉴定人职业资格的执业许可证的自然人。
2、司法鉴定材料主要是指鉴定对象及其作为被比较的样本(样品)。鉴定对象必须是法律规定的案件中的专门性问题，法律未作规定的专门性问题不能作为司法鉴定对象。如我国现阶段对司法心理测定(俗称测谎)、气味鉴别(警犬鉴定)等尚未作为法定鉴定对象，其鉴定结论不能作为证据。而且鉴定材料的来源(含提取、保存、运送、监督等)必须符合相关法律规定的要求。
3、鉴定程序合法性，包括司法鉴定的提请、决定与委托、受理、实施、补充鉴定、重新鉴定、专家共同鉴定等各个环节上必须符合诉讼法和其他相关法律法规和部门规章的规定。
4、鉴定的步骤、方法应当是经过法律确认的、有效的，鉴定标准要符合国家法定标准或部门(行业)标准。
5、鉴定结果的合法性，主要表现为司法鉴定文书的合法性。鉴定文书必须具备法律规定的文书格式和必备的各项内容，鉴定结论必须符合证据要求和法律规范。
