(1)概念不同
①《医疗事故处理条例》
第二条 本条例所称医疗事故，是指医疗机构及其医务人员在医疗活动中，违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规，过失造成患者人身损害的事故。
②《医疗纠纷预防和处理条例》
第二条 本条例所称医疗纠纷，是指医患双方因诊疗活动引发的争议。
(2)在启动司法鉴定的主体、程序和参与诉讼活动中依据的法律、法规不同
①适用的法规不同
医疗纠纷司法鉴定是由司法鉴定机构(包括社会司法鉴定机构)执业的司法鉴定人以个人负责直接进行鉴定，鉴定人制作鉴定文书并在鉴定文书上签名，鉴定结论个人负责，鉴定人要承担出庭质证的义务。依据的法律、法规是《最高人民法院关于参照<医疗事故处理条例>审理医疗纠纷民事案件的通知》的规定，。
因医疗事故以外的原因引起的其他医疗赔偿纠纷，适用《民法典》《医疗事故处理条例》的规定和司法部《司法鉴定程序通则》《宁夏回族自治区司法鉴定管理条例》等法律法规规定。
②司法鉴定的主体不同
医疗事故技术鉴定的主体是负责组织医疗事故技术鉴定工作的医学会组织专家鉴定组进行。鉴定结论采用的是合议制，按照少数服从多数的原则作出的，专家鉴定组成员无须在鉴定书签章和出庭质证。
医疗纠纷鉴定由医学会或者司法鉴定机构鉴定。
(3)鉴定机构的职能和鉴定结论的作用也不一样。
医疗纠纷司法鉴定，是判定医疗机构在医疗护理过程中有无过错，过错与不良医疗后果之间有无因果关系。以及医院过错在不良医疗后果中的参与度，医疗过错所致损伤程度及伤残程度。
医疗事故技术鉴定是对医患双方所争议的医疗行为判断是否构成医疗事故和医疗事故的等级及责任程度。
(1)事故发生后，都有需要进行司法鉴定的可能
①《医疗纠纷预防和处理条例》
第三十四条 医疗纠纷人民调解委员会调解医疗纠纷，需要进行医疗损害鉴定以明确责任的，由医患双方共同委托医学会或者司法鉴定机构进行鉴定，也可以经医患双方同意，由医疗纠纷人民调解委员会委托鉴定。
医学会或者司法鉴定机构接受委托从事医疗损害鉴定，应当由鉴定事项所涉专业的临床医学、法医学等专业人员进行鉴定;医学会或者司法鉴定机构没有相关专业人员的，应当从本条例第三十五条规定的专家库中抽取相关专业专家进行鉴定。
医学会或者司法鉴定机构开展医疗损害鉴定，应当执行规定的标准和程序，尊重科学，恪守职业道德，对出具的医疗损害鉴定意见负责，不得出具虚假鉴定意见。医疗损害鉴定的具体管理办法由国务院卫生、司法行政部门共同制定。
鉴定费预先向医患双方收取，最终按照责任比例承担。
②《医疗事故处理条例》
第二十条 卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定;医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
《医疗纠纷预防和处理条例》第四十四条 发生医疗纠纷，需要赔偿的，赔付金额依照法律的规定确定。
《医疗事故处理条例》第四十六条 发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决;不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
1、两者的相同之处
都有错误的医疗行为，都对患者造成损害，错误的医疗行为与损害后果之间存在必然因果关系，以及加害人主观有过错。
2、两者的不同之处
(1)加害人不同。因为，医疗事故的加害人只能是合法的医疗机构及其医务人员，而医疗损害可以是任何医疗单位或者个人。
(2)两者造成的损害后果不同。医疗事故的损害后果直接指向的是患者的生命健康权，附带财产权损害。而医疗损害的损害后果，则包括患者生命健康权在内的其他人身权和财产权的损害。
尽管《医疗事故处理条例》规定，医疗事故造成患者的“人身损害”，但这个“人身”与医疗损害侵害患者的“人身”，不是同一个概念。前一个的“人身”损害不过是后个“人身”损害的一部分，也就是说，医疗事故是医疗损害的一种类型。
(3)两者加害人主观过错的表现形态不同。医疗事故加害人的主观表现形态是过失，而医疗损害加害人的主观表现形态可以是过失，也可以是故意。
1、所有医疗事故都属于医疗纠纷，从概念上看，医疗纠纷，是指医患双方因诊疗活动引发的争议。医疗事故，是指医疗机构及其医务人员在医疗活动中，违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规，过失造成患者人身损害的事故。由此也可以看出在发生医疗事故之后，医疗纠纷也一定会发生。
2、医疗纠纷通常是由医疗过错和过失引起的。医疗过失是医务人员在诊断护理过程中所存在的失误。医疗过错是指医务人员在诊疗护理等医疗活动中的过错。这些过错往往导致病人的不满意或造成对病人的伤害，从而引起医疗纠纷。
除了由于医疗过错和过失引起的医疗纠纷外，有时，医方在医疗活动中并没有任何疏忽和失误，仅仅是由于患者单方面的不满意，也会引起纠纷。这类纠纷可以是因患者缺乏基本的医学知识，对正确的医疗处理、疾病的自然转归和难以避免的并发症以及医疗中的意外事故不理解而引起的，也可以是由于患者的毫无道理的责难而引起的。亦有人称之为医疗侵权纠纷，即医疗服务的提供者与接受者之间对医疗行为及其后果是否侵权及侵权责任的争议。
一般医疗损害直接表现为患者的死亡、残疾、组织器官的损伤及健康状况相对于诊疗前有所恶化等情形，若是医疗损害是因为医疗机构、或者是因为医疗机构工作人员的过错才发生，那么医疗机构需要承担支付赔偿金等的责任。
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