就民事责任而言，不能依照《医疗事故处理办法》承担补偿责任，而应适用《民法通则》关于人身侵权损害赔偿的有关规定承担赔偿责任。非法行医造成损害的。由于非法行医的主体一方，不附合医疗纠纷的特征要求，由此造成的病人人身损害事件，不属于医疗纠纷，更不构成医疗事故。
我国民法理论上，人身损害赔偿原则历来是对人身伤害赔偿由此造成的财产损失。即侵权行为造成他人人身损害的赔偿数额，以人身伤害而引起的财产损失为标准，实际损失多少财产就赔偿多少。赔偿范围的法律依据是《民法通则》第119条。主要项目有：医疗费、交通和住宿费、死者的丧葬费、残疾者的生活补助受害人的误工工资、护理人员误工补助费、死者生前或残疾者致残前扶养人的生活费和其他必要的支出。
此外，有学者认为，非法行医损害赔偿案件，除必须承担财产赔偿责任外，还应给予必要的民事制裁措施。其法律依据是《民法通则》第134条的元宝，即：“……，人民法院审理民事案件，除适用上述规定外，还可以予以训诫、责令具结悔过、收缴进行非法活动的财物和非法所得，并可以依照法律规定处以罚款、拘留。”其理论根据是，医疗活动就医患双方提供和接受医疗服务的角度而言，是平等主体之间的民事活动。诚实信用和遵守法律法规、社会公德，是民事活动的基本原则。为牟取财物而无照行医，非法刊登、药品广告，销售使用假药，聘用不合格的医务人员等，最终导致病员健康严重受损。这类行为，违背了民事活动的诚信原则和合法原则，是民事违法活动的典型表现，所以对非法行医理应采取相应的民事制裁措施。
在我国相关的当事人进行非法行医时，相关的当事人构成了犯罪。这类人员构成对受害者的民事赔偿责任，我国的相关审理单位。对这类案件根据相关的案件案情进行相应的审判，判决这类违法犯罪人员，维护我国的法律公平。
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