由于医疗事故是一种严重点医疗差错，为了保障患者和院方及医护人员的合法利益，而要对医疗事故的处理设定严格的程序：
(一)报告
发生医疗事故或可能是医疗事故的事件，当事的医务人员应立即向本科室负责人报告，科室负责人应立即向本医疗单位负责人报告，医疗单位应及时按级上报。个体开业的医务人员应立即向当地的卫生行政部门报告。以使上级主管部门与行政部门及时掌握情况，给予正确的指导，有利于尽快采取补救措施，减轻病员的痛苦和损害程度，从而缓解医患双方的矛盾，有利于善后处理。
(二)对医疗过失应根据情况及时采取有效措施
发生事故后，应尽最大的可能减轻事故给患者带来的不良影响，及时组织力量，采取积极有效的补救措施，以减轻事故的最终后果。
(三)做好来访接待工作
发生医疗事故或事件后，做好病员及其家属的接待工作非常重要。要避免争执使矛盾激化，要引导病员及其家属按《医疗事故处理办法》规定的程序处理。
(四)病案及有关原始资料的保存
发生医疗事故或事件的医疗单位，应指派专人封存、妥善保管原始病案及有关资料，不得丢失、涂改、隐匿、伪造、销毁。因输血、输液、注射、服药等引起医疗事故或事件的，要对现场实物及时封存留样，以备检验。
(五)尸体解剖检验
凡发生医疗事故或事件，临床诊断不能明确死亡原因或病员家属对死因有争议的，必须进行尸体解剖检验。尸检应在病员死亡后48小时内进行。死者家属或医疗单位拒绝或措施时间超过规定期限而影响对死因判断的，由拒绝或拖延的一方负责。
(六)善后处理
善后处理一定要不徇私情，坚持原则，力求定性准确，处理恰当，结案迅速，不留尾巴。这就要争取病员或家属工作单位的谅解、配合和支持，紧紧依靠当地政府和社会各有关部门。在达成协议人基础上要履行公证手续，签订公证协议书，避免反覆，使协议具有法律效力。
(七)查处
医疗单位对发生的医疗事故或医疗事件，要立即组织调查，经过分析作出结论并提出处理意见。处理意见以书面形式答复病员及其家属，同时报告上级卫生行政主管部门。对确定为医疗事故的按规定给予一定性经济补偿，对当事责任人按规定给予行政处理及经济处罚。
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