安全期避孕法由于在排卵期掌握上的困难，推算出来的安全期有时不太可靠，因之有安全期避孕并不太安全的说法，那么安全期为什么会有不安全的烦恼呢?具体表现在以下几个方面：
(1)安全期避孕法是在目前对精子卵子认识的基础上的一种理论解释，也就是基于女子排卵有一定规律、排出的卵子能存活24小时，男方射出的精子能存活1-3天。然后用机械的办法加以推算，避开精卵可能相遇的最多天数，就认为是安全的了。但实际上迄今为止对于精子在女性生殖道内存活及维持受精能力的时间，以及排出的卵子维持受孕能力的时间问题，了解得并不很清楚，目前为主利用化验测定激素水平及B超监测排卵也只是能测得排卵发生的日期，更何况平时掌握安全期是较粗略的推算某几天可能是排卵期。势必出现安全期估计的错误，从而导致避孕失败。
(2)发生临时额外排卵：安全期避孕法的推算只考虑女性在一个周期内发生一次排卵的情况，然而女性在某些时候可能发生额外的排卵现象没有考虑(如性刺激而发生额外排卵)，也无法推算，这临时的排卵也可能导致避孕失败，这是安全期避孕不安全的又一因素。
(3)外界因素对排卵的影响：女性排卵的时间，受外界环境、气候、本人的情绪以及健康状态等因素影响，从而出现排卵推迟或提前，这时候女性根本无法知道，按照常规推算就会造成排卵期计算的错误造成意外怀孕。
安全期避孕，实践中已经证明是一种最不安全的避孕方法，很多已婚夫妇采用这种避孕方式而导致避孕失败。青少年女性多数月经周期还不能像成年人那样规则，因此这种方法不适合。对于成年女性这种方法可做参考，建议结合安全期避孕的同时，兼用其他有效的避孕方式。有下述情况之一的已婚妇女不宜应用此法：
(1)月经周期不规则，或经常相差一周以上，较难掌握排卵规律者;
(2)探亲期间;
(3)分娩后及哺乳期间月经和排卵尚不规律者，至少待恢复3次正常月经后才能应用;
(4)新婚夫妇;
(5)女性工作学习生活极不规律者，不能掌握自己的排卵情况时不宜应用;
(6)刚来初潮不久的少女。
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