附睾炎如果是由淋球菌、结核杆菌、支原体、衣原体等病原体感染引起的，不仅会发生炎症反应而损害精子，而且极易引起附睾管腔的缩小或堵塞，导致附睾尾部与输精管连接处不完全性或完全性梗阻。这是一种难以逆转的附睾炎后遗症，精子被堵截在附睾管内出不去，只能慢慢困死或任由宰杀，从而造成梗阻性少精症或无精子症，附睾炎治疗不及时会导致不育。
附睾炎还是导致男子体内形成抗精子抗体的重要原因。当附睾发生炎症时，身体的自卫系统就会立即行动，白细胞、淋巴细胞等免疫细胞和体液免疫物质进入发炎的附睾管内，对病原体产生清除反应，形成医学上所说的免疫反应，产生免疫细胞，同时免疫细胞对机体自身组织的识别能力明显下降，直接与精子表面或精浆中的抗原物质发生免疫反应，形成抗精子抗体。
抗精子抗体形成后，混在精液中，紧追精子不放，或将精子团团围住，或干脆牢牢吸附在精子表面，使精子无处躲藏。这样一来，精子的活动能力显着下降，或数个、数十个地凝集成团，影响精子的前向运动。同时，抗体也可进入血液循环，对生殖器官的功能产生更大范围的不良影响。若抗精子抗体产生的免疫反应作用于睾丸组织，则能形成特殊的破坏作用，使睾丸的生精功能发生异常，出现生精障碍性无精子症。
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