公元1601年 正月
以播州平，免四川、贵州、湖广、云南加派田租欠赋。
总兵官陈璘讨皮林苗，平之，获吴国佐，诸苗悉平。
公元1601年 二月
利玛窦至京师 意大利人利玛窦以万历九年(1581年)汛海数万里抵广州之香山澳(今广东中山)，居二十年，至是，至京师。由天津税监马堂奏闻。
公元1601年 三月
武昌人民再次暴动 时逮冯应京等缇骑抵武昌，众民愤聚数万人，围陈奉府，誓必杀之。陈奉逃匿楚王府，踰月不敢出。众乃投陈奉恶役耿文登等十六人于江，并伤缇骑。以巡抚支可大助虐，焚其辕门，支可大不敢出。事闻，内阁及言官请撤陈奉，不理。
公元1601年 四月
召陈奉还 陈奉惧武昌民，请还京以避之。会宦官李道方督理湖口(今江西湖口)船税，奏“(陈)奉水阻商舟，陆截贩贾，征三解一，病国剥民。”乃召还。陈奉去，挟金宝财物巨万计，支可大惧为民所掠，多与徒卫，导之出疆。以沈一贯请，始革支可大职，而言官陈维春、郭如星极言陈奉罪，神宗不悦，降二人杂职。
公元1601年 五月
山西巡抚魏允贞以每裁抑山西矿监，被宦官劾“抗命阻挠”，将加谴责。魏允贞乃乞归。
公元1601年 六月
苏州反孙隆斗争 苏州人民杀织造宦官孙隆恶役六人。孙隆逃往杭州。起义领袖织工葛成(葛贤)挺身投案，至万历二十一年得释。
大旱及矿税之害 吏部尚书李戴以京畿、山东、河南、山西大旱，赤地数千里，民不聊生，草木既尽，剥及树皮，并亟言矿税之害，不理。
公元1601年 八月
复命李成梁镇辽东 李成梁去辽，十年之间更易八帅，边备益弛。会总兵马林获罪，以沈一贯言，乃命再镇辽东，时已七十六岁。
公元1601年 九月
河决开封、归德。
起前礼部尚书沈鲤、朱赓并兼东阁大学士，预机务。
公元1601年 十月
立皇长子朱常洛为皇太子，时年二十。同日封诸子朱常洵为福王、朱常浩为瑞王、朱常润为惠王、朱常瀛为桂王。
公元1601年 十二月
复桑颜马市 朵颜部长长昂屡入犯，败之。至是，与董狐狸等皆纳降，并请复马市，许之。
公元1601年 是岁
努尔哈赤建八旗制度 随努尔哈赤势力之扩大，一“牛录”从十人扩大为三百人，首领仍称“牛录额真”(译成汉语称“佐领”)；五牛录为一甲喇，首领称“甲喇额真”(“参领”)；五甲喇为一固山，首领称“固山额真”(“都统”)。每一固山有特定颜色之旗帜，当时组成四固山，即分红、黄、蓝、白四种颜色之旗帜。至四十三年(1615年)，又增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，共为八旗，六万人。“固山”即满语“旗”之意，故八固山之建立，亦称“八旗制度”。全体女真人分别编于八旗中。八旗制为军政合一之制，每旗固山额真由王贝勒担任，称“旗主”，一般民人称“旗下”。旗民“出剿为兵，入则为民”，“无事耕猎，有事征调”。旗主对旗下进行封建统治剥削。努尔哈赤自为八旗总首领。
