根据顺陵碑记，杨牡丹92岁这年病倒了，而且是病入膏肓了。
不谓灾缠雾露，痰积膏肓。丹泉凝慈，召名医而接轸，紫霄流渥，下珍药而相望。玉釜徒煎，竟乏长生之术;金丹莫就，终无驻寿之期。咸亨元年八月二日，崩于九成宫之山第。春秋九十有二。
杨牡丹一得病，武则天招徕许多名医，用了许多好药，终因年迈体衰，风邪外袭，湿热留注经络，阴虚阳亢，发热怕冷多汗，口干舌燥，内心焦灼，关节红肿热痛。在名医诊断治疗，服用好药见效甚微后，武则天把母亲送到九成宫疗养。
九成宫是个著名的地方，特别著名法帖《九成宫赋》的流传，使人们对九成宫都心向往之。现九成宫遗址位于宝鸡市麟游县城西5里天台山上，在隋朝称为隋仁寿宫，隋文帝就甭逝与此处。贞观五年(631)三月，李世民加以修葺，更名九成宫。高宗永徽二年(651)改名万年宫。乾封二年(667)复曰九成宫。山环水绕，规模宏伟，景色壮丽，夏日清凉，是避暑的好地方。魏征在《九成宫礼泉铭》中说：“至于炎景流金，无郁蒸之气，微风徐动，有凄清之凉。信安体之佳所，诚养神之圣地，汉之甘泉，不能尚也。”
荣国夫人杨牡丹到了九成宫，是因为九成宫“信安体之佳所，诚养神之圣地”，武则天希望母亲在此休养治病，能够恢复健康。但是杨牡丹的病情越来越加重，不过她的头脑很清醒。她知道自已的病无法治好，去西天的日子不远了。她和武则天在九成宫就后事安排作过商量，武则天当然是准备按传统，将她礼送回文水老家，与父亲和葬在武氏祖坟。可是，任凭武则天怎样讲，杨牡丹就是不同意。而且讲出一番“道理”：
“合葬非古，礼贵从宜，将追罔极之慈，愿在先茔之侧。”
说的是追念父亲，愿意安葬在父亲的身边，实际上，这里实在说不出口的隐情。明确了说，就是武士彟死后，杨牡丹并不是贞节寡妇，从目前史料上，可以看出她和两个人有染。一个是许敬宗。武则天入宫，杨牡丹从荆州回到京城，一致住在许敬宗家，两人过从甚密。许敬宗是有名的色鬼，杨牡丹四十多岁才出嫁，保养有方，身体很好，相貌尚佳，此时不足60岁，有这个条件和需求。更不可忽略的是，两人为了使武则天正位后宫，取得皇后的地位，经常在一起密谋，耳鬓厮磨，何况也有互相利用的政治需要，难免发生苟且之事。唐朝初年，性开放，不但是成年人的游戏，也是男女相互取悦的手段，所以，史书虽然没有明确记载两人“苟且”，但是，从种种迹象分析，这种可能性是很大的。
再就是前面说的贺兰敏之，他虽然和杨牡丹隔辈，但关于他们的暧昧关系的记载可是言之凿凿。
正因为如此，杨牡丹坚决拒绝归葬山西文水，不和丈夫合莹，要求葬在父亲坟茔边上。武则天只好“奉遵遗旨”，在洪渎原外公外婆坟墓东侧起茔。
杨牡丹死后，武则天“以身齐霄极，礼阙晨昏”，“望长筵而下泣”，“瞻厚褥而衔悲”，高宗“虑不胜哀”。以王礼安葬时，武则天“废朝三日，空山露泣”。送葬由“司刑太常伯卢承庆摄同文正卿充监护大使，右肃机皇甫公义为副”，“西台侍郎道国公戴至德持节吊祭”，高宗“亲御横门，开轩悲哭”，“班剑四十人，羽葆鼓吹仪仗，送至墓所”。家葬变成了国葬。这样的葬仪，在王公大臣中也属罕见。
根据文献记载，杨牡丹初葬，坟丘称杨氏墓。文明元年(684)，圣上(武则天)临朝，九月追崇武士彟为魏王，杨氏为魏王妃，杨氏墓称王妃墓。永昌元年(689)群臣以名号不称，抗表固请，于是追尊武士彟忠孝太皇。二月，同时给杨氏追尊号曰忠孝太后，改魏王妃墓名为顺义陵。天授元年(690)九月丙戌，册尊忠孝太皇为孝明高皇帝，陵曰昊陵，庙曰太祖;追尊忠孝太后为孝明高皇后，陵曰顺陵。
但是，令杨牡丹生前没有想到的事情是，武则天为了更加符合礼治，使父母能够在阴间团圆，弄了一次怪诞的昊陵迎魂。就是说，母亲，您不到父亲身边去，我把父亲的灵魂给您引来，这是女儿对父母的共同孝心。
顺陵碑记中记载，武则天见父母“陵茔眇隔，长悬两地之悲。关塞遥分，每切百身之痛。”于是，“遂命大使备法物，自昊陵迎魂，归于顺陵焉。游冠远降，坠舄遥迁。方移沛邑之魂，更启桥山之域。白云朝起，乍伴龙辅。明月宵悬，时低蜃卫。”
在埋葬杨氏后仅十日，以“陵茔眇隔”，“每切百身之痛”，想出了迎魂合葬的巧妙办法。仅从这件小事上可以看出武则天做任何事都是“足智多谋”。
昊陵迎魂是由朝廷官方出面操办的。队伍庞大，人员众多，礼仪隆重，物品齐全，不亚于当初送灵柩埋葬武士彟时的情景。“法物”指宗庙乐器、车驾、卤簿等，属“大驾卤簿仪式”，也就是达到了皇帝出巡时使用的仪仗队。
