萧摩诃自幼随父亲在始兴郡生活，后被姑夫蔡路养抚养长大。侯景之乱后，追随侯安都征战，屡立战功，被封为巴山太守。此后，萧摩诃跟随吴明彻，屡破北齐军，升任武毅将军、谯州刺史。后来，吴明彻在与北周争夺吕梁的战役中被俘虏，萧摩诃则率兵突围，逃到淮南，回朝任右卫将军。
陈宣帝死后，萧摩诃辅佐陈后主登基，追斩始兴王陈叔陵，被加封为骠骑大将军、绥建郡公。隋军南征时，陈后主不顾萧摩诃的再三建议，拒不出兵，以致错过战机。陈朝灭亡后，萧摩诃随陈后主降隋，被授予开府仪同三司。仁寿四年(604年)，萧摩诃与汉王杨谅起兵反对杨广称帝，被杨素俘杀，终年73岁。
597年(开皇十七年)，萧摩诃之子萧世略在江南作乱，当时有人认为应该追究萧摩诃。隋文帝道：“萧世略一个年轻人，能起什么作用，只是被人利用罢了。”于是赦免萧摩诃。604年(仁寿四年)，隋文帝驾崩，太子杨广继位，是为隋炀帝。汉王杨谅不服，起兵谋反。当时，萧摩诃因久不得志，故此也赞成起兵。同年八月，萧摩诃在清源(今山西省清徐)被杨素俘虏。不久，萧摩诃被杀，时年七十三岁。
