慈禧并非光绪的亲生母亲，二人关系也很一般。虽然，在外人看来，光绪对慈禧言听计从，十分尊重。如果真是这样，那么，慈禧为何杀害光绪?杀害光绪只为政治斗争吗?其实，慈禧在戊戌变法后就对光绪起了杀心，而且，希望尽快杀死他。
当时流传着这样一个说法，康有为等人预谋调动袁世凯军队去包围颐和园，再趁机劫持慈禧，甚至取她性命，从而推进变法。当然，关于这个说法并未得到证实，也可能是清廷故意放的烟雾弹。但是，大概在二十年前，杨天生在日本的一本书里找到一些文献资料。这本书的作者是毕永年，他是谭嗣同的挚友，也是维新派重要成员。
毕永年在他的书中清晰的描绘了百日维新期间，也就是当年的七、八月份在北京的所见所闻。书中谈及：谭嗣同邀请毕永年担任包抄颐和园活动的总指挥，预谋杀害慈禧。后来，变法失败，毕永年逃至日本，才披露了当时的真相。在袁世凯告密之前，清廷只说要抓康有为和康广仁两兄弟，但是，并没有说要抓谭嗣同。
谭嗣同跟袁世凯讲了自己的计划，要求他配合自己包抄颐和园，劫持慈禧。等袁世凯告密后，隔了几天，才把谭嗣同抓了起来，慈禧也才知道最后的“黑手”是谁。慈禧认为：这是不共戴天之仇，因此，“戊戌六君子”都没有好结局，在抓起来后，没几天时间，这些人就被残忍的杀害了。虽说，清朝杀人要有一定程序，但是戊戌六君子的死刑完全是慈禧的一句话。
按说，清朝政府杀人的行为需要得到皇帝的批准，尤其是进行一场秋审，凡是要杀之人，皇帝需一个个的审核，再判断谁死谁活。皇帝在纸张上以划对勾决定生死，六君子显然没有经过这道手续，逮捕后，连问都没问就马上杀了，慈禧是按紧急情况处理的。从这里，不难看出，慈禧对这些人是恨之入骨的，在与光绪之间的政治斗争里，慈禧不允许自己输，干脆下手为强。
戊戌政变，是慈禧太后一生当中发动的第三次宫廷政变：第一次是1861年11月同恭亲王奕訢发动的辛酉政变;第二次是1884年4月懿旨罢斥恭亲王为首的全部军机处成员而以醇亲王代之的甲申易枢;而最后一次，光绪皇帝则彻底失去了人身自由，被软禁于中南海瀛台。可以说，这三次政变都以慈禧太后的胜利而告终，也都成就了她垂帘听政的政治野心。
慈禧在戊戌变法后，深知一定要废帝，光绪帝作为戊戌变法的实际“领导人”，已经严重威胁到了自己的性命，怎能让他多活。可是，又如何除掉光绪呢?慈禧有这样一个散播谣言的计划：慈禧很快发布了一项诏书“招聘全国名医进宫为皇帝医病”。诏书是慈禧假借光绪帝的名义发的，她谎称皇帝自四月起就身体不好，而且越来越不好。
可以说，这次招募名医进京名义上是治病，实际上，是诋毁皇帝以扰乱民心。光绪虽然是自己一手带起的，但是，一旦威胁慈禧的性命和利益的时候，是要除之而后快的。慈禧打算撤掉光绪，重立新傀儡为帝。慈禧通过散步皇帝重病的谣言，引起了一片哗然。慈禧立端王载漪之子溥隽立为大阿哥，也就是皇太子，派人接溥隽进宫当接班人，准备随时登基。
慈禧为了“拉拢”舆论，假意咨询重臣意见，刘坤认为，这样做怕不知道天下人会说出什么样子的话了。外国人也会干预，会请大夫给光绪诊断，外国人也知道慈禧的意思，但是，却不同意废黜光绪，自然不会配合慈禧。法国医生给光绪诊断后，说他身体很健康，弄得慈禧很尴尬，后来，她预谋利用义和团杀外国人，也因这时候留下的“隐患”。
光绪身体确实不好，但是，也不能不明原因就去世了，这样根本交代不过去。所以，慈禧继续在全国招募名医，制造舆论压力，就说：目前光绪是重病，这也为以后光绪的“去世”谎话做了铺垫。不过，慈禧的计谋没能成功，因为，当时慈禧不再是一人当权，光绪皇帝也有一些“权力”，地方的势力也在逐渐增大。
特别是太平天国后，地方督抚势力增强，杀皇帝也要问过他们的意见，慈禧的行为引起新式商人的强烈反对，而且，外国人也不同意慈禧废帝。直到后来，医生给光绪诊断开药，慈禧都会派人监视。医生开的都进补的药材，慈禧对医生不满，后来，有历史学家研究过清廷档案药方，恐怕有不少是在慈禧的左右下胡乱编写的，这其中，更是有一些不准确的药方。
光绪三十四年冬，光绪帝病重，慈禧太后下令将溥仪养育在宫中。十一月十四日，光绪身故，终年38岁，慈禧命溥仪继承皇统。后人对光绪死因依旧不断推测，到底是否是慈禧所为，目前也没准确的说法。但是，光绪死在慈禧离世的前一天这个时间点，总是让人不禁联想到她这样做究竟为何，相信，随着历史学家的不断研究，早晚有一天，会有真相展露在世人面前。
