蒙古帝国内部的分裂其实并不是在忽必烈建立了蒙元，当上了大汉的时候开始的。其实早在铁木真在1206年加上了成吉思汗的尊号开始，建立大蒙古帝国开始就已经出现了。因为严格意义上来说，蒙古并不是一个中央集权制的国家，而更像是一种氏族联盟，不是什么事情，都是由成吉思汗能决定的，只能说成吉思汗的话语权在联盟中很有分量。
在铁木真去世之后，经过了选汗大会，窝阔台继承了大汉之位，但是遇到大事情还是需要与各王进行商议后才能决定。对于各王所掌握的兵力，窝阔台也是没有直接的统辖权的。后来窝阔台去世之后，围绕着汗位的继承，所谓蒙古的贵族，黄金氏族发生了一次内部斗争，最终大汉之位由托雷的儿子蒙哥所继承。而窝阔台的子嗣就对此事暗藏不满，于是这就酝酿出了后来的窝阔台汗国的独立。
在蒙哥去世之后，围绕着大汉之位，蒙哥的弟弟忽必烈与阿里不哥爆发夺汉位的战争，最终忽必烈夺取了汉位。但是这种没有经历过选汗大会所产生的大汉，其威望较于成吉思汗已经是不可同日而语了。作为当时阿里不哥的支持者，察合台汗国与忽必烈所建立的蒙元也是渐行渐远。另外钦察汗国、伊利汗国距离中原地区又十分遥远，大汉也是鞭长莫及，也先后走向了独立。
结果就是察合台行、钦察汗国、伊利汗国、窝阔台汗国仅仅只是在名义上属于大蒙古帝国，而实际上已经是成为了藩属国的存在了，已经与蒙元王朝脱离了。
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