虽然客观上具备保护遗体条件，但秦始皇遗体是否完好地保存下来呢？如果单从遗体保护技术而言，相距秦代不足百年的西汉女尸能很好地保护下来，秦代也应具备保护遗体的防腐技术。问题是秦始皇死在出巡途中，而且更糟的是正值酷暑时节，经过50余天的长途颠簸由死到下葬间隔近两个月。。秦始皇遗体途中就开始腐败，尸体运回咸阳等不到处理恐怕早已面目全非了。据此推测秦始皇陵墓之谜遗体保存完好的可能性很小。
秦始皇陵墓之谜二：兵马俑伉被焚
考古人员在清理兵马俑坑时发现，一、二号坑中有很多火烧的痕迹，陵区有大面积的火烧土分布，同样考古人员在对秦陵陪葬坑的挖掘中也发现了大量火烧土和残余焦木，坑中的棚木基本上都被化为灰烬。究竟是谁对兵马俑坑进行了如此巨大的破坏成了秦始皇陵墓之谜。
从文献资料推测，破坏兵马俑的人应当是项羽。项羽火烧咸阳城和阿房宫，仍不足以泄愤，于是再破坏秦始皇陵，烧毁了秦始皇陵园中的宫殿建筑。至今陵园的建筑遗址上还有大火焚烧过的红色土块和灰烬。但如果是项羽火烧了秦陵，陪葬坑里完好保存着精美的铜鹤、铜鹅、铜鸭子等珍宝一件都没有被运走却让人觉得不可思议。
始皇陵以水银为江河大海的记载见于《史记》，《汉书》中也有类似的文字。然而，陵墓中究竟有没有水银始终是秦始皇陵墓之谜。科学家得出初步结论：《史记》中关于始皇陵中埋藏大量汞的记载是可靠的。现代科技终于解开了地宫埋“水银”的千古谜案。至于地宫为何要埋入大量水银？北魏学者郦道元的解释是“以水银为江河大海在于以水银为四渎、百川、五岳九州，具地理之势。”另一方面也可能是秦始皇不希望被盗墓所以放入水银。
秦陵地宫门道数量问题，其实《史记》中早有答案：“大事毕，已藏，闭中羡，下外羡门，尽闭工匠藏，无复出者。”棺椁及随葬品全部安置放在中门以内。地宫三道门似乎无可辨驳。值得注意的是司马迁中羡门用了个“闭”字，外羡门则有了个“下”字，说明中羡门是可以开合的活动门，外羡门则是由上向下放置的。中羡门可能是横向镶嵌在两壁的夹槽中，是一道无法开启的大石门。内羡门可能与中羡门相似。三道羡门很可能在一条直线上。
“奇器珍怪徙藏满之”一语出自司马迁笔下。早于司马迁的大学者刘向也曾发出过这样的深切感叹：“自古至今，葬未有如始皇者也。”那么，这座神奇的地宫珍藏了哪些迷人的珍宝呢？《史记》明文记载的有“金雁”、“珠玉”、“翡翠”等。80年代末考古工作者在地宫西侧发掘出土了一组大型彩绘铜车马。车马造型之准确，装饰之精美举世罕见。之前，考古工作者还发掘出土了一组木车马，除车马、御官俑为木质外，其余车马饰件均为金、银、铜铸造而成。地宫外侧居然珍藏了如此之精美的随葬品，那么，地宫内随葬品之丰富、藏品之精致是可想而知的。
秦始皇使用什么样的棺椁？《史记》、《汉书》均未明确记载。司马迁只留下一句“下铜而致椁”的含糊记录。于是有学者据此得出秦始皇使用的是铜棺。但从文献记载而言，秦始皇未必使用的是铜棺。《史记》、《汉书》明文记载：“冶铜锢其内，漆涂其外。”“披以珠玉，饰以翡翠”，“棺椁之丽，不可胜原。”这里“漆涂其外”、“饰以翡翠”的棺椁恐怕只能是木质的了。如果是铜棺或石棺肯定用不着土漆涂其外，而只有木棺才可能使用土漆。从先秦及西汉的棺椁制度考察，使用“黄肠题凑”的大型木椁是当时天子的特权。自命功劳大过三皇五帝的秦始皇不可能放弃“黄肠题凑”的木椁而改用其它棺椁。
目前考古勘探表明，秦陵地宫为竖穴式。陵墓主持者之一李斯则说：“凿之不入，烧之不燃，叩之空空，如下无状。”李斯这段话如果记载无误，那地宫明显有个外壳。按理这段话不会有假。因为李斯曾以左丞相身份亲自主持过陵墓工程，对地宫的构造了如指掌。加之这段话是当面向圣上汇报的，应该说不会有掺假嫌疑。如果按李斯所言可以推断秦陵当是一座密封的、真空的大地堡式地宫。按文献记载推理地宫是空的，且有较大的空间，但由于考古勘探尚未深入到地宫的主要部位，所以地宫内部究竟是虚是实目前还是个谜。
