过去民间关于朱元璋的死亡时间，有各种说法，一是洪武三十一年(1398年)闰五月初十，一说是闰五月初五，一说是闰五月十七日等。但《明史·太祖本纪》上面对朱元璋死亡时间的记载还是相当清楚的，“闰月癸未，帝疾大渐。乙酉，崩于西宫，年七十有一。”对照一下万年历，“乙酉”，即是1398年闰五月初十，这个记载应该是最权威的。
确实，如果根据史书的记载，堂堂一位开国之君，死后几天即下葬了，那么多分封在外地的王子都没有赶回来啊！这正常么？所以，朱棣在听说侄儿把他老子匆匆埋了后，十分恼火。谈迁的《国榷》记载，“燕王入临，将至淮安”，以为父亲奔丧为名，要找朱允炆讨说法，这为以后篡位找到了第一理由。《明皇大政记》记载，“故燕王移檄，亦有此句，且指以为罪。则葬之的据甚明。”
朱允炆到底是哪一天把朱元璋归葬孝陵的，说法也有多种。现在史学界大多认为，朱允炆确实是“速葬”了朱元璋。那朱允炆为什么敢冒天下之大不韪？有史书上称，这是朱元璋自己选择的时间，“故即位而葬，同日并举，皆高皇遗命，正以速葬消诸。”而秘史更称，朱允炆实际上在即位的前一天，即闰五月十五日把朱元璋给下葬了。这是“领命于地下”。这里说明朱元璋担心自己死后出乱子，留下遗言要朱允炆从速办自己丧事的。
朱允炆为什么要这样，除了“遵旨”，还有原因吗？急于即位？《皇明大政记》称，“并初虞致祭，不啻数坛，尚称皇太孙。宁有大葬无嗣皇帝主祭之理？”这里说的很明了了，也有道理，就是朱元璋刚死时，为他办事的朱允炆身份还是皇孙，这与礼制不符，老皇帝死了，怎么能没有新皇帝继位？国不可一日无君啊。
而从天气的角度考虑，速葬朱元璋也不无道理。南京素有“火炉”之称，闰五月时已是夏天了，很热了。不早早埋了，还想发臭？那决定下葬后又发生了什么？这同样是一个谜团。在南京民间，连小孩子都知道这样的传说，朱元璋下葬那天出现了“迷魂阵”，就是南京的十三个城门同时出殡。此说法史书有记载，朱国桢的《皇明大政记》称，朱元璋下葬那天“而发引，各门下葬”。为什么要这样？在民间，有钱的大户人家，为了干扰视听，防止有人盗墓，有意隐藏先人埋葬地点，而一个皇帝如此这般，实在令人不解。
在元朝，帝王无陵寝，搞搞迷魂阵倒是很合乎情理，既然朱元璋生前都为自己的归宿找好了地方，选择紫金山阳的地块筑陵，谁不知道他葬在那里？有必要摆迷魂阵，大造假象吗？原来，在葬后不久即传出，朱元璋不是葬在孝陵，而独葬朝天宫。就是今天南京王府大街向南千米右手旁边的朝天宫，具体地点是“世传三清殿下为明祖真葬处”。
在前人的文字中同样可以找出这方面的记载，清代浙东学派代表人物全祖望的《从朝天宫谒孝陵》称，“钟阜衣冠是与非，朝天弓剑更传疑。难寻玉匣珠襦地，但见神功圣德碑。开国谅无惭汉祖，嗣孙底是学曹丕。当年可笑山陵使，乱命何人为弼违(自注云：世传高皇帝龙蜕在是宫，不在陵也)。”这里说的很清楚了，明孝陵仅是朱元璋的衣冠冢，而真正阴间“睡觉”的地方在“宫”(朝天宫)。民间还有一个说法，来验明这个观点。据说当年孝陵内每到夜里就传出一个妇人的哭声，原来这是马皇后的哭声，后来大搞法事才没有了哭声。马皇后为什么要哭？说是一人空守一座孤坟，悲伤所致啊，“后来孝陵传夜哭，应缘马后悲孤独”，即是这个说法。
